利用picard 进行序列去重复

作者: dashan1928 | 来源:发表于2021-07-06 22:28 被阅读0次

第三天：软件安装
基因组注释①：LTR_Finder的安装与使用
数组去重的四种方法
基因结构注释（2）：同源注释
使用augustus、repeatmasker等做基因预测
利用“重复博弈”进行砍价
2020-06-23 学习WES数据分析流程 2
在linux中构建基因进化树
【2017-09-08】数据结构与算法（七）
eggNOG 对基因组进行GO注释

for id in $(ls /nfs_genome/home/zhaoshanzhong/zs/data/metagenome64/metacleandata/mapOnly/work_files/*.filtered.bam | sed "s/.filtered.bam//"); do base=`basename $id`;echo "picard -Xmx256g MarkDuplicates -I $id.filtered.bam -O $base.markdup.bam -M $base.markdup -REMOVE_DUPLICATES true"; done > markdu.sh

nohup ParaFly -c markdu.sh -CPU 20 &

第三天：软件安装
1. RepeatMasker安装功能：重复序列屏蔽（已知什么序列是重复序列了） (1) 准备工作利用cond...
基因组注释①：LTR_Finder的安装与使用
重复序列注释 “由于物种间重复序列的保守性相对较低，针对特定的物种进行重复序列的预测时需要构建特定的重复序列数据库...
数组去重的四种方法
利用双for循环去重利用对象数组去重利用对象数组去重并且记录重复次数通过创建一个新数组进行数组去重
基因结构注释（2）：同源注释
同源预测(homology prediction)利用近缘物种已知基因进行序列比对，找到同源序列。然后在同源序列的...
使用augustus、repeatmasker等做基因预测
使用augustus进行基因预测重复序列屏蔽结果参考文献：
利用“重复博弈”进行砍价
前段时间去超市购物，经历了一次有趣的砍价经历，结局很完美，我用心仪的价钱买到了东西，同时也收到了“砍价小能手”的外...
2020-06-23 学习WES数据分析流程 2
标记或去除重复序列在拿到的测序结果中，有一部分序列是重复的，这是由于上机前需要进行PCR扩增，如果序列扩增次数不...
在linux中构建基因进化树
首先利用muscle进行多序列比对：“muscle -in 序列文件.fasta -out 输出的比对结果文件.f...
【2017-09-08】数据结构与算法（七）
序列删除相同元素并保持序列顺序问题：*怎样在一个序列上面保持元素顺序的同时消除重复的值？方案：利用集合，但是不维...
eggNOG 对基因组进行GO注释
简要介绍利用eggNOG进行在线注释GO 其原理将query序列与eggNOG编号的蛋白进行多序列比对，确定保守位...