- 下载psRoBot http://omicslab.genetics.ac.cn/psRobot/downloads.php
- psRoBot的功能介绍
psRobot_map：将miRNAs mapping到参考基因组。
psRobot_mir：基于测序的small RNA和参考基因组，预测新的miRNA。
psRobot_tar：预测小RNAs在转录本中的靶位点。
psRobot_deg：降解组分析，对预测靶位点的进一步实验验证。 - 预测miRNA的靶基因
psRobot_tar -s novel.fa -t mRNA.fasta -o novel_miRNA_mRNA.gTP -p 32
-s novel.fa #需要预测miRNA序列，序列格式一定要是大写
-t mRNA.fasta #基因组的cDNA序列
-o 指定输出文件
-p 32 使用32个进程
输出文件novel_miRNA_mRNA.gTP格式
>miR156 Score: 1.0 ZLEO3C002807
Query: 1 TTCGGACCAGGCTTCATTCCC 21
|:|||||||||||||||*|||
Sbjct: 1400 AGGCCTGGTCCGAAGTA-GGG 1381
cat novel_miRNA_mRNA.gTP|grep "^>" |cut -f 1,3 即可输出靶基因对的miRNA-mRNA。
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