miRNA靶基因预测：psRoBot

1. 下载psRoBot http://omicslab.genetics.ac.cn/psRobot/downloads.php
2. psRoBot的功能介绍
   psRobot_map：将miRNAs mapping到参考基因组。
   psRobot_mir：基于测序的small RNA和参考基因组，预测新的miRNA。
   psRobot_tar：预测小RNAs在转录本中的靶位点。
   psRobot_deg：降解组分析，对预测靶位点的进一步实验验证。
3. 预测miRNA的靶基因
   psRobot_tar -s novel.fa -t mRNA.fasta -o novel_miRNA_mRNA.gTP -p 32
   -s novel.fa #需要预测miRNA序列，序列格式一定要是大写
   -t mRNA.fasta #基因组的cDNA序列
   -o 指定输出文件
   -p 32 使用32个进程
   输出文件novel_miRNA_mRNA.gTP格式

>miR156        Score: 1.0      ZLEO3C002807

Query:          1 TTCGGACCAGGCTTCATTCCC 21
                  |:|||||||||||||||*|||
Sbjct:       1400 AGGCCTGGTCCGAAGTA-GGG 1381

cat novel_miRNA_mRNA.gTP|grep "^>" |cut -f 1,3 即可输出靶基因对的miRNA-mRNA。