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在notepad--中使用正则表达式获得拓扑树 2023-02-

在notepad--中使用正则表达式获得拓扑树 2023-02-

作者: 土雕艺术家 | 来源:发表于2023-02-09 20:10 被阅读0次

推荐notepad--

我觉得notepad--作者说的非常好,Notepad--的意义在于:减少一点错误言论,减少一点自以为是。虽然目前Notepad--还有有点bug,但是决定换装Notepad--。
Notepad-- https://gitee.com/cxasm/notepad--
安装十分简单,而且我再给它升级版本时候发现还能发现已经安装的旧版本。
介绍 https://www.sohu.com/a/635269178_114760
使用是非常方便的,而且zz正确。

正则表达式获得拓扑树

首先要明确我们一般需要去除的内容是节点支持度和枝长。

# ML
(Polymorphus_minutus_MN646175:0.2887106379,Southwellina_hispida_NC_026516:0.2192792048)86:0.0609125999
# BI
(OG_Gnathostomula_armata_NC_026983:0.21595,Gnathostomula_paradoxa_NC_026984:0.264411)1:1.33584)0.91:0.102339

枝长是:后面的小数,所以用:[0-9].[0-9]*可以轻松匹配到,可以直接替换成空值。
节点支持度通常都是)后面的数字所以我们可以用\)[0-9]*找到,需要替换为)因为表达式里面使用了)来帮助我们定位。对于后验概率会有小数的情况可以使用\)0.[0-9]*

使用如上替换原则可以轻松替换出树中多余的内容,得到一个干净的拓扑树,可以用于后续分析。

image.png

附上一个在正则表达式匹配的网址
https://www.runoob.com/regexp/regexp-syntax.html

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