samtools view [region]

首先查看samtools view的帮助，发现可以选择比对区域
Usage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam>|<in.cram> [region ...]

查看samtools版本为

~/Ebola/code/bam# conda list | grep samtools 
samtools        1.10     h9402c20_2   https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda