2020-04-12 R学习--数据的读取及保存

R主要在于其强大的数据处理及结果可视化能力，但往往可视化前的数据处理占用了比较多的精力，以便用来纠错（debug）。

R数据的读取

文本文件读取

• read.table() 或 data.table::fread(): 读取文本文件

read.table(file, header = FALSE, sep = "", quote = "\"'",
           dec = ".", numerals = c("allow.loss", "warn.loss", "no.loss"),
           row.names, col.names, as.is = !stringsAsFactors,
           na.strings = "NA", colClasses = NA, nrows = -1,
           skip = 0, check.names = TRUE, fill = !blank.lines.skip,
           strip.white = FALSE, blank.lines.skip = TRUE,
           comment.char = "#",
           allowEscapes = FALSE, flush = FALSE,
           stringsAsFactors = default.stringsAsFactors(),
           fileEncoding = "", encoding = "unknown", text, skipNul = FALSE)

实例

gset<-read.table("GSE number",sep="\t",quote="",header=T,comment.char="!",fill=T) 
 ##读取结果为表达矩阵，不需要再通过exprs()函数提取表达矩阵

对于老版affymetrix芯片的GSE..._RAW.tar中的CEL.gz文件需使用特殊的affy包及ReadAffy()函数

library(affy)
gset<-ReadAffy(data)

对于新版的affymetrix芯片的GSE..._RAW.tar中的CEL.gz文件需用oligo包处理

library(oligo)
Files<-list.celfiles()
Rawdata<-read.celfiles(Files)

• read.csv(): 读取csv文件
  如果出现缺失值，read.table()会报错，read.csv()读取时会自动在缺失的位置填补NA
• 灵活的读取指令scan() :
• 读取固定宽度格式的文件：read.fwf()

R数据的保存

cat()函数

cat(...,file="",sep="",fill = FALSE ,labels=NULL,append=FALSE)  #file表示要输出的文件名，当参数append=TRUE时，在指定文件的末尾添加内容。sep：表示以空格作为分隔符

write.table() 或write.csv()函数

• write.table() 可以把一个数据框或列表等对象以包含行列标签的方式写出。

write.table(x, file = "", append = FALSE, quote = TRUE, sep = " ",
            eol = "\n", na = "NA", dec = ".", row.names = TRUE,
            col.names = TRUE, qmethod = c("escape", "double"),
            fileEncoding = "")

• write.csv(): 将数据框保存为逗号分隔文件，但是不包含列名。

save()函数

可以保存.Rdata数据

save(gset,file="gset_name.Rdata")