答读者问(2)：细胞cluster没有聚在一起；去不去批次效应

作者: TOP生物信息 | 来源:发表于2021-07-22 16:56 被阅读0次

答读者问(2)：细胞cluster没有聚在一起；去不去批次效应
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手动去除doublet是很有必要的一步，别太相信软件。另测序的时候千万别贪多，一个样本细胞数别超过1万，不然doublet可能多得惊人。我问过公司专业人士，一个样本测两万细胞，doublet可能有20%。

我在我写的“单细胞分析实录(6): 去除批次效应/整合数据”中提到了这个问题，感兴趣的话可以看一下。

因水平有限，有错误的地方，欢迎批评指正！

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