2020-12-04

网页笔记摘抄：
设置因子，按照对照在前，处理在后

group_list = factor(group_list,
levels = c("control","treat"))

在R语言的帮助文档里，apply函数的功能是：

Retruns a vector or array or list of values obtained by applying a function to margins of an array or matrix.

就是说apply把一个function作用到array或者matrix的margins（可以理解为数组的每一行或者每一列）中，返回值为vector、array、list。

简单的说，apply函数经常用来计算矩阵中行或列的均值、和值的函数，具体方法如下：
定义一个3×2的矩阵：

rname = c("one","two","three")
cname = c("first","second")
b <- matrix(1:6,nrow=3, dimnames = list(rname, cname))
b
first second
one 1 4
two 2 5
three 3 6

继续举几个例子：

apply(b,1,sum)

上面的指令代表对矩阵b进行行计算，分别对每一行进行求和。函数涉及了三个参数：

第一个参数是指要参与计算的矩阵；
第二个参数是指按行计算还是按列计算，1—表示按行计算，2—按列计算；
第三个参数是指具体的运算参数。

上述指令的返回结果为：

one two three
5 7 9

取出exp中方差最大的1000个基因的数据

cg=names(tail(sort(apply(exp,1,sd)),1000))
n=exp[cg,]