我的ChIP-Seq(5): peaks注释

注释一般有以下几种方法，但是一般经验有：

1.比对时下载UCSC格式的参考基因组，后续操作障碍少
2.数据准备要严格按照软件的说明，若遇到格式正确就是读不进的情况，试试dos2unix file

1.ChIPseek在线工具

特点：在线，使用简单，运算速度非常快，实质是后台调用了HOMER和bedtools
TSS区域不能自己定义，观察了一下软件的定义应该是+-1000bpTSS。
input：只需准备UCSC格式的bed文件或者txt，总之染色体号是chr的而不是NC_0000的。
out：所有注释的列表txt，diffpeaks基因组分布图，还可以得到peak sequence。

2.bedtools -intersect

原理：本质是找两个文件的overlap，这里两个文件一个是注释文件一个是peaks文件的话，就相当于把peaks文件注释了。
命令：bedtools intersect -wa -wb -a */A549K27.bed -b */hs19_anno.bed
input：注释和peaks文件都要是bed/gff/vcf/bam格式，xls转的时候要注意，先xls-txt-bed
在linux中cat打不开就是格式错误，需要认真准备，或：dos2unix file 转化成linux系统识别的格式。

3.R包CHIPseeker

特点：很综合，能自定义TSS的区域范围。
缺点：包太大，需要安装、调用不计其数的包，不好安装。本次尝试多次多个版本的R均未成功。
*2.27看B站jimmyzeng教程，也提到Y叔的包需要调用大量的包，里面一旦有一个更新了其他都要更新才能用，尤其是DOSE这个包。

4.HOMER

注释peak，安装起来比较复杂，可以用conda安装。
还可以find motif，这个功能与MEME相似。

至此我的ChIP分析的前半段就结束了，后面是寻找我感兴趣的目标基因的差异peak情况，不方便共享，不过方法就是一系列shell操作，还需要多练习，野蛮生长，每天进步~