CORNAS摸索

作者: 没有猫但是有猫饼 | 来源:发表于2020-04-03 15:54 被阅读0次

    用到CORNAS是因为我拿到了没有重复的样本,想和GFOLD对比一下有何不同
    详见这篇:我的GFOLD摸索

    其实很简单,也不需要用到服务器,all you need 只有RStudio
    CORNAS可以在这里下载

    这里说一下文件格式

    1)首先需要一个.tab格式的文件,里面包括三列:
    1列:基因名,我用的是ENSG
    2列:要比较的第一组数据,即Sample A
    3列:要比较的第二组数据,即Sample B
    2)其次需要一个cornas.config文件,在这里可以设置一些有关.tab文件的要求

    这里要注意一定要核实 cornas.config 文件中的 Sample A 和 Sample B 与 .tab 文件中的两列顺序要一样

    3)最后需要CORNAS.R文件,这里包含着CORNAS的算法,不要改

    接下来就可以操作了

    source("你的路径/CORNAS.R")
    cornas("你的路径/cornas.config" , "你的路径/.tab")
    

    最后得到的文件可以用Excel打开↓

    每个结果的表头都会显示这些信息

    我对比了一下GFOLDCORNAS这两种方法的计算结果,总体都差不多,但是有一些GFOLD = 0的基因在CORNAS中是有差异的,如果想要很精确的结果的话,可能可以考虑结合二者的结果进行分析

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