「Debug R」在从名字空间‘XVector’中出口方法时发现

每当R语言版本更新，Bioconductor的版本随之更替的时候，总会有一些神奇的报错会出现，比如说下面这种。

Error: package or namespace load failed for ‘GenomicRanges’:
 在从名字空间‘XVector’中出口方法时发现了不是S4通用的函数‘parallelSlotNames’

如果读中文读不懂，我们可以把它翻译成英文。

 package or namespace load failed for ‘GenomicRanges’:
 Function found when exporting methods from the namespace ‘XVector’ which is not S4 generic: ‘parallelSlotNames’

这里有一个关键词，namespace，通常会被翻译成命名空间，在这里指的是一个R包所包括的所有函数。换句话说，XVector里的parallelSlotNames函数出现了问题。

到底是什么样的问题呢？通过检索3.11 + parallelSlotNames, 我找到了Bioconductor 3.11版本的一项更新日志，在我们强调的部分，里面写着它们将parallelSlotNames()重命名为vertical_slot_name.

那么问题来了，为什么我知道是这个版本问题呢？一方面是我之前遇到类似的报错，另一方面是我在调试的时候看到了如下的信息

载入需要的程辑包：GenomeInfoDb
Error: package or namespace load failed for ‘GenomicRanges’:
 在从名字空间‘XVector’中出口方法时发现了不是S4通用的函数‘parallelSlotNames’
In addition: Warning messages:
1: 程辑包‘S4Vectors’是用R版本4.0.0 来建造的 
2: 程辑包‘IRanges’是用R版本4.0.0 来建造的 

这里写道S4Vectors和IRanges是由R4.0.0构建的，而我的R版本才只是3.6.3，R 3.6.3对应Biocondcutor 3.10, R 4.0.0对应Bioconductor 3.11，根据这个警告信息，我找到了问题的源头，也就是一些R包的版本不对。

因此，我手动删除了S4Vectors和IRanges，并用BiocManager::install(c("S4Vectors", "IRanges"), version="3.10")的方式重装这个R包，最后问题解决了。这里的version="3.10"可以保证自己的版本一定是指定的3.11