提到单细胞测序,相信各位小伙伴们都很熟悉,真是又爱又恨的一个技术啊,爱它既能帮助我们解决很多科研问题,同时也是对它的价格暗暗咬牙;大家莫慌,今天小编就给大家一个神器——单细胞混样测序,让大家用小经费就能轻轻松松发表5分左右的文章。
单细胞Mix(混样)测序产品是基于10x Genomics和BD Rhapsody平台,利用寡核苷酸偶联的抗体孵育不同的样本,为不同的样本标记上不同的标签,然后将多个样本混合在一起,按照单一样本文库制备的流程,进行一次建库操作,然后上机测序,实现多样本混样单细胞测序。
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单细胞Mix测序实验流程图
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研究目的:利用单细胞RNA测序(scRNA- seq)研究原发性人类股骨头组织细胞(FHTCs)组成的初步特征,以及它们之间在单细胞水平上的复杂串联;
样本信息:4个原发性人类股骨头组织细胞(FHTCs);
测序策略:10x平台,单细胞测序(scRNA-seq);
捕获细胞数:26574个原代人股骨头组织细胞;
结论:发现丝氨酸蛋白酶23(PRSS23)和基质重塑相关蛋白8(MXRA8)是新的骨代谢相关基因;单核细胞、T细胞和B细胞的几个亚型与骨代谢有关。
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文章流程图
总 结
4个样本——scRNA-seq——常规单细胞测序生信分析 。
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研究目的:利用单细胞RNA测序(scRNA- seq)来揭示人类指甲的细胞图谱;
样本信息:多指症患者的4个多余指甲样本,指甲基质和指甲单元的部分富集单细胞;
测序策略:10x平台,单细胞测序(scRNA-seq)
捕获细胞数:11,541个细胞;
结论:单细胞RNAseq显示了指甲特异性间质和上皮细胞群,分别以RSPO4(先天性无睾症的主要基因)和SPINK6为特征。
总 结
4个样本——scRNA-seq——常规单细胞测序生信分析——简单免疫组化验证。
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研究目的:利用单细胞RNA测序(scRNA- seq)构建一个细胞图谱,全面描述慢性血栓栓塞性肺动脉高压(CTEPH)患者的肺动脉内膜切除组织的细胞组合特征;
样本信息:5个肺动脉内膜切除的组织;
测序策略:10x平台,单细胞测序(scRNA-seq)
捕获细胞数:27,140细胞;
结论:发现了17个细胞簇的特征,对应10,518个标记基因,然后分为8种细胞类型,包括成纤维细胞/平滑肌细胞、内皮细胞、T细胞/NK细胞、巨噬细胞、肥大细胞、富含半胱氨酸分泌蛋白LCCL域的2(CRISPLD2)+细胞、癌症干细胞。
总 结
5个样本——scRNA-seq——常规单细胞测序生信分析。
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不知道大家有没有发现,要利用单细胞测序发表一篇5分左右的文章还是非常容易的,小编经过的文献调研发现,基本上只需要以下几个步骤:找准一个研究方向——收集4-6个样本——scRNA-seq——常规的单细胞测序生信——简单QPCR/WB/IF/IHC验证(甚至都不用验证),一篇3-5分的单细胞测序文章get到了!
介绍到了这里,有的小伙伴们估计比较迷惑了,说好的小经费就能发5分左右的单细胞测序文章呢,这文献看下来,要发5分左右的文章,至少需要4-6个样本啊,按照现在单细胞测序的市场价格,怎么说也得花个十多万啊,一个青年基金去了一大半了,这还叫小经费??????
神器来啦——单细胞Mix(混样)测序,看了前面的流程图有些小伙伴可能发现了,多个样本混样以后只进行一次建库,单细胞测序里面什么最贵,当然是建库试剂盒了,这下好了,最贵的那部分成本大大的缩减了,每个小伙伴都可以做单细胞测序了!!!!
单细胞混样测序——小经费也能轻松发表5分文章!
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