更新:使用方式:个人直接使用一下命令进行下载 #还有个改进方式是 制定文件下载的位置,否则默认在~/ncbi 文件夹里面
prefetch --ascp-path "/home/HWP/.aspera/connect/bin/ascp|/home/HWP/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh" --option-file SRR_Acc_List2.txt
注意: 另一个ascp的密钥文件(有时putty可能不能使用,这时可选用asperaweb_id_dsa.openssh)
有时候上面的会失败,有大佬说用下面这个没问题,还没使用过:
ascp -v -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -T anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR590/SRR5907429/SRR5907429.sra ./ 国内家庭电信宽带 没问题
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https://www.jianshu.com/p/9915fce02b10
如果按SRR下载文件的话,可见ftp构成:
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR+登陆号前三位数字(550)+/SRR+完整登陆号(554360)
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https://www.jianshu.com/p/fdbd4c13fa29
这个写的也可以
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通过aspera高速下载 SRA,EBI等数据库的数据
见网页这个作者的博客 http://www.bioinfo-scrounger.com/archives/171 , 亲测可用,按照要求安装即可,prefect自动调用 aspera来下载数据,非常方便。
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