python与R中的命令行参数解析方法

在写pipeline的时候，经常把python和R程序都整合进bash脚本里，这样比较方便，python和R怎么解析命令行参数的呢？

1. python的命令行解析方法
   python最常用的命令行参数主要有两个：sys.argv和argparse.ArgumentParser.

1.1. sys.argv sys模块中的argv是一种常用方法，用法如下图所示：

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运行 python greet.py gouzi daming 得到：

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这里argv[1]指的是第一个参数，argv[2]是第二个。而argv[0]则是指的这个python程序，即greet.py。
如果这里只提供了一个参数的话，则会因为没有argv[2]而报错：

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1.2 argparse

argparse是现在解析命令行参数的一个模块，比原来的optparse更加方便。主要使用方法如下：

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通过add_argument来添加参数，required可选必须参数和非必须参数。这里添加了一个必须参数name和一个非必须参数name2。

输入python greet2.py -name gouzi -name2 daming 则返回：

image.png

输入python greet2.py -name gouzi 则返回：

image.png

2. R中的命令行参数解析方法

R中的命令行参数解析主要用commandArgs()。如下图所示：

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运行Rscript greet.R gouzi 得到：

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这里实际上第6位置才是咱们给的参数，如果要想让第一个位置是咱们的参数的话需要加一个trailingOnly=TRUE即可。

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