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nanopore 分析常用软件目录
nanopore 分析常用软件目录
作者:
wo_monic
| 来源:发表于
2020-10-16 15:58 被阅读0次
ONT nanopore常用软件清单
软件名
功能
官方网址
bioconda
bioconda商店
http://bioconda.github.io/
sratoolkit
SRA数据管理
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/toolkitsoft
flappie
碱基识别
https://github.com/nanoporetech/flappie
albacore
碱基识别
https://github.com/Albacore/albacore
guppy
碱基识别
nanopore社区
MINKNOW
测序操控软件
nanopore社区
hdfview
查看fast5
https://www.hdfgroup.org/downloads/hdfview/
ont_fast5_api
拆分合并fast5
https://github.com/nanoporetech/ont_fast5_api
pomoxis
综合分析
https://github.com/nanoporetech/pomoxis
minion_qc
质控绘图
https://github.com/roblanf/minion_qc
Filtlong
过滤
https://github.com/rrwick/Filtlong
seqkit
序列处理工具包
https://bioinf.shenwei.me/seqkit/
nanopack
数据质控顾虑包
https://github.com/wdecoster/nanopack
NanoPlot
质控绘图
https://github.com/wdecoster/NanoPlot
Porechop
过滤
https://github.com/rrwick/Porechop
MaSuRCA
拼接
https://github.com/alekseyzimin/masurca
Tulip
拼接
https://github.com/Generade-nl/TULIP
spades
拼接
https://github.com/ablab/spades
canu
拼接
https://github.com/marbl/canu
NextDenovo
拼接
https://github.com/Nextomics/NextDenovo
RaGOO
参考引导
https://github.com/malonge/RaGOO
Unicycler
拼接
https://github.com/rrwick/Unicycler
MECAT
拼接
https://github.com/xiaochuanle/MECAT
NECAT
拼接
https://github.com/xiaochuanle/NECAT
miniasm
拼接
https://github.com/lh3/miniasm
WTDBG2
拼接
?
https://github.com/ruanjue/wtdbg2
SMARTdenovo
拼接
https://github.com/ruanjue/smartdenovo
RA
拼接
https://github.com/rvaser/ra
gfatools
gfa文件处理
https://github.com/lh3/gfatools
medaka
纠错
https://github.com/nanoporetech/medaka
pilon
纠错
https://github.com/broadinstitute/pilon/wiki
racon
纠错
https://github.com/lbcb-sci/racon
NextPolish
纠错
https://github.com/Nextomics/NextPolish
quast
拼接评估
http://bioinf.spbau.ru/quast
busco
拼接评估
https://gitlab.com/ezlab/busco
bwa
短序列比对
https://github.com/lh3/bwa
samtools
sam格式处理
https://github.com/lh3/samtools
minimap2
比对
https://github.com/lh3/minimap2
NGMLR
比对
https://github.com/philres/ngmlr
last
比对
http://last.cbrc.jp/
GraphMap
比对
https://github.com/isovic/graphmap
MarginAlign
比对
https://github.com/benedictpaten/marginAlign
MUMMER
全局比对
http://mummer.sourceforge.net/
megan
物种鉴定
http://ab.inf.uni-tuebingen.de/software/megan6/download/
diamond
blast比对
https://github.com/bbuchfink/diamond
seqtk
序列处理工具
https://github.com/lh3/seqtk
taxonkit
物种分类鉴定
https://bioinf.shenwei.me/taxonkit/
Centrifuge
物种分类
https://github.com/DaehwanKimLab/centrifuge
Nanopolish
综合分析
https://github.com/nanoporetech/nanopolish
NanoSV
变异检测
https://github.com/mroosmalen/nanosv
Sniffles
变异检测
https://github.com/fritzsedlazeck/Sniffles
NanoVar
变异检测
https://github.com/benoukraflab/NanoVar
tombo
甲基化
https://github.com/nanoporetech/tombo
bcftools
vcf格式处理
https://github.com/samtools/bcftools
Truvari
变异检测
https://github.com/spiralgenetics/truvari/
Pinfish
异构体鉴别
https://github.com/nanoporetech/pinfish
pychopper
异构体鉴别
https://github.com/nanoporetech/pychopper
tablet
可视化
https://ics.hutton.ac.uk/tablet/
IGV
可视化
http://software.broadinstitute.org/software/igv/
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nanopore 分析常用软件目录
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https://www.haomeiwen.com/subject/ndwzpktx.html
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