前言
本文，作者利用局部逆辛普森系数评估harmony整合两套单细胞数据的效果，作者利用局部逆辛普森系数评估了harmony整合不同批次单细胞数据的效果
摘自《Fast, sensitive and accurate integration of single-cell data with Harmony》
原理
局部逆辛普森系数（LISI）分为两种，一种是iLISI，另一种是cLISI
iLISI表征的是数据融合的效果，iLISI介于 1—2 之间，iLISI = 1 代表两套数据完全没有融合；iLISI越大则代表融合效果越好
而cLISI是衡量cell cluster的分类是否正确的指标，cLISI介于 1—2 之间。cLISI越低，代表dataset 1 和 dataset 2 融合后，还能按照原有的细胞分群而重新分群（即dataset 1 的cell type A和dataset 2 的cell type A可以重新分群在一个cluster里面；dataset 1 的cell type B和dataset 2 的cell type B可以重新分群在另一个cluster里面）；反之，cLISI越高，则融合后重新分群的效果越差
软件的地址为：LISI
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