R语言基本知识

1. 向量是由元素组成的，元素可以是数字或者字符串
2. 表格在R语言中改名叫作数据框
3. 函数或者命令不会用时，可以使用查看帮助，调出对应文档，翻到example部分进行研究
   ?read.table
4. 数据类型

向量(vector)（重要）
数据框(data frame)（重要）
矩阵(matrix)
数组(array)
list

向量（下列代码中x为变量名）

1. 向量与标量
   标量：一个元素组成的变量（例如：1，"huahua"）
   向量：多个元素有序排列组成的变量（例如：c(1,2,3), c("doudou","huahua","yu")）

赋值代码（相同变量x，后一次的赋值能够覆盖前一次的赋值）

x<-c(1,2,3)
x<-(1:10)
#从1-10之间所有的整数
x<-seq(1,10,by = 0.5) 
#1-10之间每隔0.5取一个数
x<-rep(1:3,times=2) 
#1-3 重复2次

2. 从向量中提取元素
   （1）根据元素的位置提取元素（里面是中括号）

x[4] 
#提取第4个元素
x[-4]
#排除法，提取除了第4个元素之外剩余的元素
x[2:4]
#提取第2到4个元素
x[-(2:4)]
#提取除了第2到4个元素以外的元素
x[c(1,5)]
 #提取第1个和第5个元素

数据框（将数据放在工作目录）（下列代码中x为变量名）

1. 读取本地数据

read.table(file = "huahua.txt",sep = "\t",header =T) 
#读取文件，分隔符为Tab，有表头 
a<-read.table(file = "huahua.txt",sep = "\t",header =T)
#把这个数据框赋给一个变量a

2. 设置行名和列名

X<-read.csv('doudou.txt') 
colnames(X)
 #查看列名
rownames(X) 
#查看行名,默认值的行名就是行号，1.2.3.4...
colnames(X)[1]<-"bioplanet"
#有的公司返回数据，左上角第一格为空，R会自动补为x,用这个命令来修改
X<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = "\t",header =T,row.names=1)
#最后row.names的意思是修改第一列为行名

3. 数据框的导出

write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)
#分隔符改为逗号，字符串不加双引号（默认格式带由双引号）

4. 变量的保存与重新加载

save.image(file="bioinfoplanet.RData")
#保存当前所有变量
save(frame1,file="frame1.RData")
#保存其中一个变量
load("frame1.RData")
#再次使用RData时的加载命令

5. 提取元素

X[x,y]
#第x行第y列
- X[x,]
#第x行
- X[,y]
#第y列（横着写，这是不够懒也不够优秀却能存在的写法）
- X[y]
 #第y列（竖着写，这是懒惰又优秀的写法）
- X[a:b]
#第a列到第b列
- X[c(a,b)]
#第a列和第b列
- X$列名
#也可以提取列（优秀写法，而且这个命令还优秀到不用写括号的地步，并且支持Tab自动补全哦，不过只能提取一列）