纯生信单基因独立预后发文思路3+

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总有人说想要纯生信套路，今天它来了。分享一篇最新的纯生信单基因独立预后发文思路的文章，这篇文章发表在journal of cancer(影响因子：3.565)，发表时间于2020年10月17日。

研究背景：

核糖核苷二磷酸还原酶亚基M2（RRM2）是核糖核苷酸还原酶的催化亚基，可调节酶活性，这对于DNA复制和修复至关重要。然而，RRM2在肺腺癌（LUAD）中的作用仍不清楚。

研究方法：

在这项研究中，我们探讨了TCGA，GEO，Oncomine，UALCAN，PrognoScan和 Kaplan-Meier Plotter在LUAD中RRM2的表达模式和预后价值，并通过Cox分析证实了其独立的预后价值。LinkedOmics和GEPIA2用于研究与RRM2相关的共表达和功能网络。此外，我们使用TIMER来评估RRM2与主要六种肿瘤浸润免疫细胞之间的相关性。最后，通过TIMER门户通过肿瘤纯度校正的部分Spearman秩相关系数，检查了免疫调节剂，趋化因子和28种肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）和RRM2的免疫特征之间的相关性。

研究结果：

在TCGA-LUAD的肿瘤组织中发现RRM2上调，并在多个独立队列中进行了验证。此外，无论是在TCGA还是其他队列中，均发现高RRM2表达与不良的生存率相关。Cox分析表明，高RRM2表达是LUAD总体生存，疾病特异性生存和无进展生存的独立危险因素。功能网络分析表明，RRM2通过涉及多种与癌症相关的激酶和E2F家族的途径来调节真核生物中的RNA转运，卵母细胞减数分裂，剪接体，核糖体生物发生以及细胞衰老信号传导。同样，RRM2表达与B细胞，CD4 + T细胞和嗜中性粒细胞的浸润水平相关。随后的分析发现，B细胞和树突状细胞可以预测LUAD的预后。通过Cox分析将B细胞确定为六种类型免疫细胞中的独立危险因素。最后，相关分析表明RRM2与我们进行的免疫标记的67.68％（624/922）相关。

研究结论：

我们的研究表明，RRM2可以独立预测LUAD的预后，并与免疫浸润有关。特别是，RRM2和B细胞标记基因之间的紧密关系是免疫反应的潜在中心，也是影响预后的关键因素之一。我们的发现为进一步研究RRM2在LUAD中的免疫调节作用奠定了基础。

分析内容如下：

1、对RRM2做差异分析，并在多个数据库中进行验证

2、RRM2表达与临床特征的相关性分析

3、生存分析

4、单因素、多因素Cox 回归分析

5、RRM2共表达分析、GO、KEGG分析

6、RRM2与免疫细胞的相关性分析