近日浙江大学生命科学学院生物信息系陈铭老师课题组发表的CropGF:作物基因家族挖掘和分析的综合可视化平台（CropGF: a comprehensive visual platform for crop gene family mining and analysis），实现了基因家族挖掘及可视化的零代码操作，功能非常强大，现在带领大家一睹为快。
image.png
作物基因家族挖掘和分析的综合可视化平台
image.png
CropGF
CropGF是一个涵盖多种重要作物的综合数据库，有助于探索作物的关键生理性状。该数据库配备了灵活的搜索系统，允许用户自定义搜索条件并选择适当的bool选项，以更精确地描述基因家族，从而更准确地识别家庭成员。此外，该数据库拥有一整套下游分析和将组学数据与基因家族数据相结合的庞大数据集。这种集成使下游模块能够覆盖常见的基因家族分析方法并可视化地显示它们，允许用户探索不同分子水平上的基因表达模式和功能关系。数据库的使用和资源是免费的和用户友好的，使得来自不同背景的人都可以很容易地使用它。
Search
1.用户必须首先选择几个物种，随后的所有搜索都将在选定的物种内进行。
2.1搜索与特定基因同源的候选基因家族。这些关键字可以包括来自各种数据库的基因id，包括EnsemblPlants、UniProt和NCBI，以及基因名称、同义词和基因描述。数据库将搜索用户感兴趣的基因，并返回同源基因作为候选基因家族。
2.2包含特定结构域的候选基因家族关键字搜索。这些关键字可以包括Pfam数据库中的HMM ID和域名。数据库将搜索包含用户感兴趣的结构域的蛋白质，并返回相应的基因作为基因家族候选基因。
2.3Blast搜索候选基因家族。用户可以在数据库中提交序列和设置爆炸搜索的参数。数据库将返回blast发现的所有序列作为候选基因家族。
2.4用户可以根据需要添加任意数量的关键字，并设置布尔选项(and、OR)来搜索目标基因家族。
3.提交
例如，如果用户选择大麦作为物种，则可以搜索关键词“PF00931”(NB-ARC基因家族中的域)，并提交拟南opsis的NB-ARC基因家族成员序列进行blast搜索，同时设置布尔选项为“and”。该搜索将使用户能够在大麦中找到NB-ARC基因家族。[图片
image.png
Basic Information
数据库为用户提供了在不同物种中发现的基因家族成员数量的用户选择。此外，我们还列出了不同数据库的域名id和简要描述，包括Pfam, SMART, CDD, InterPro。该模块还可以显示不同数据库(EnsemblPlants、UniProt、NCBI)中的基因id和基因家族成员的基本信息，支持简单过滤。用户可以通过“下载数据”按钮下载数据
image.png
染色体位置图
我们可视化了染色体的位置。并提供了一个滑块来放大染色体的长度。用户可以将鼠标移动到特定的基因上，以查看基因在染色体上的具体位置。
image.png
基因结构
为了检查基因结构的多样性，我们将基因家族的每个成员可视化，并提供了一个滑块来放大基因单元的长度，以便用户观察更多细节。
image.png
理化性质
用户可以查看每个基因家族成员的物理和化学性质，并进行简单的筛选。用户可以通过“下载数据”按钮下载数据。这些数据来自ProtParam (https://web.expasy.org/cgi-bin/protparam/protparam)的预测。
image.png
系统进化树分析
我们在数据库中显示了系统发育树。我们提供了一个滑块来放大染色体的长度。
image.png
motif 分析
image.png
共线性分析
image.png
kaks计算
image.png
基因表达热图
image.png
细胞定位预测
我们以可视化的形式显示细胞中每个位置可能的家族成员的数量。用户可以滚动鼠标放大和缩小，悬停在一个细胞器上显示特定的数字。数据来自WoLF PSORT的预测(https://wolfpsort.hgc.jp/)。用户可以通过“下载数据”按钮下载数据
image.png
3D蛋白结构
分子查看器显示所选基因家族成员的蛋白质分子结构的3D模型。用户可以点击左下角的问题按钮获取更多帮助。(https://web3dmol.net/help.html)。
image.png
种间共线性分析
Synvisio模块显示了物种间染色体的共线性以及所选基因在染色体上的位置。用户可以点击“筛选面板”选择哪些染色体显示合成器。
image.png
真正的零代码分析基因家族时代到了，动辄几千块的收费基因家族课程从此将要走出历史的舞台了，大家赶紧学习去吧
今天就先给大家介绍到这里，希望大家的科研能有所帮助！祝您科研顺利快乐！
生信漫谈
生信漫谈
生信漫谈，认识生信，学习生信，跨越生信入门路上的障碍，从而利用生信技术解决科研学习路上的绊脚石！
网友评论