生信小白如何进行单基因的鉴定及功能分析

小伙伴在拿到一个新基因的时候，是不是两眼一黑，很是懵圈，老板一直催着问，这个基因有 什么功能啊，定位在哪里啊，有什么特殊的结构域啊等等，问的还没入门的小白，一阵转圈圈。今天小白将带大家进行单基因的鉴定及功能分析。
1、如果是测序得到的一段新的核酸序列（如果知道基因的CDS就省了看这一步）
首先，我们需要预测该段核酸序列的ORF，可以用在线的网站NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/），或者利用Tbtools软件进行ORF预测。

image image

2、保守结构域分析，分析该基因的保守结构域。

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi

image

结果如下：

image

3、亚细胞定位预测需要蛋白序列，选好对应的物种，进行分析即可，网站的网址如下。

https://wolfpsort.hgc.jp/

image

如果预测是核定位基因，可以进一步预测核定位序列，网址如下：

http://nls-mapper.iab.keio.ac.jp/cgi-bin/NLS_Mapper_form.cgi#opennewwindow

4、基因的物理性质分析

https://prosite.expasy.org/scanprosite/

image image

5、蛋白的二级结果预测

https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_seccons.html

image image image

6、蛋白同源建模分析3D结构

https://swissmodel.expasy.org/

image image
image.png

生信漫谈，小知识，大智慧！欢迎大家一起讨论学习

image

生信漫谈

生信漫谈，认识生信，学习生信，跨越生信入门路上的障碍，从而利用生信技术解决科研学习路上的绊脚石！