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同journal同期同国人发表的一起拿过来学习啦，这个题目还短一些哎，意在研究这个RNA调控对子怎么做，好，这个直接把ceRNA机制拿出来啦

Genome-Wide Analysis of Prognostic lncRNAs, miRNAs, and mRNAs Forming a Competing Endogenous RNA Network in Hepatocellular Carcinoma

略过背景，直达技能

1. data resources and pretreatment

RNA-seq(coding and non-coding) data 和临床信息来自TCGA, 注释来自Ensembl；
miRNA expression profiles 来自UCSC Xena,分析成熟而非前体；
为了排除低表达基因，选取75%样本中lncRNA,mRNA raw count value >10, miRNA log2(RPM+1)>1 ；

2. differential analysis

HCC中癌组织和癌旁正常组织的lncRNA, mRNA用edgeR package;
miRNA用limma package;
abs(log(FC))>1 and p.val<.05;

3. survival analysis and gene network construction

只选择总生存期>90 days的病患,首先，采用单变量COX回归分析RNA与总生存期的相关性，候选biomarkers的p.val<.001, 然后采用多变量COX回归移除预后的非独立RNA，最后，通过多变量COX回归建立RNA评分矩阵，p.val<.01；
SurvivalROC package 允许事件依赖的受试者工作特性曲线ROC评估，并得到AUC；

4. CeRNA network construction

预后相关的RNA用于构建ceRNA network, 具体数据库为miRcode, TargetScan, miRTarBase, miRDB,(这里可以深挖就是为什么miRNA-mRNA pairs interactions要用3个数据库），联合2个对子构建ceRNA,并丢进cytoscape;

5. functional analysis

lncRNA-miRNA-mRNA构成的ceRNA network进行GO,KEGG enrichment analysis,clusterProfiler and GOplot package were used;

6. statistical processing

independent sample t-tests;
K-M analysis;
log-rank test.

图多又好看