C02-2:群体平均与遗传效应

作者: 枇杷膏_a56b | 来源:发表于2022-02-19 22:19 被阅读0次

C02-2:群体平均与遗传效应
C02: 群体平均与遗传效应
数量遗传学10-选择的原理和方程
群体遗传
三、理想群体与Hardy-Weinberg法则
为什么要做重测序与群体遗传（前言）
为什么要做重测序与群体遗传（前言）
2020-06-24 学习WES数据分析流程3
群体遗传学学习笔记（1）
群体遗传分化

随机交配平衡群体的均值和遗传效应

群体平均

计算随机交配平衡群体均值的一般式为：
$M=\sum_{i=1}^np_iG_i$
$M$ : 群体均值
$p_i$ : 第 i 个基因的基因频率
$G_i$ : 第 i 个基因的基因值
$n$ ：群体内基因型数

单位点的群体平均

设 A 位点的两个等位基因 A1 和 A2 的基因频率分别为 p 和 q。由下表可计算该位点的群体平均。

基因型	基因型频率(f)	基因型值(y)
$A_1A_1$	$p^2$	$+a$
$A_1A_2$	$pq$	$d$
$A_2A_2$	$q^2$	$-a$

$M=\sum{fy/\sum{f}}=p^2a + 2pqd - q^2a = a(p^2-q^2) + 2pqd = a(p-q) + 2pqd$
( $\sum{f} = 1$ )

对上式的理解如下：

M既是群体平均的表现型值，也是群体平均的基因型值。
任一位点对群体的贡献可分为纯合子贡献（ $a(p-q)$ ）和杂合子贡献( $2pqd$ )两部分。
基因型频率和显性程度的变化会影响群体平均
该群体均值是距两纯合子中值的离差，要加上中值才能回到原测量尺度。

例：
已知某作物粒重性状基因A1对A2为不完全显性。A1 对频率为 p=0.8，A2的 p = 0.2. A1A1，A1A2，A2A2三种基因型的均值分别为：40g，35g，20g。估算该位点的群体均值：

首先计算两纯合子中值：
$m = (40 + 20)/2=30(g)$
$A_1A_1的基因型值：a=40-30=10(g)$
$A_1A_2的基因型值：d = 35 - 30 = 5(g)$
$A_2A_2 的基因型值：-a = -10$
两纯合子中点为原点的群体均值为：
$M = 10(0.8 - 0.2) + 2 \times 5 \times 0.8 \times 0.2 = 7.6 (g)$
以0为原点的群体均值为：
$M^{'}=7.6 + M = 7.6 + 30 = 37.6(g)$

多位点无互作情况下的群体平均

这种情况下各位点彼此独立，以加性组合方式构成群体平均：
$M = \sum_{I=1}^{n}{a_i(p_i-q_i) + 2\sum_{I=1}^{n}{d_ip_iq_i}}$
$n$ 为基因型所含位点个数。
多位点情况下群体平均的原点是多位点总全距的中点，即所有位点纯合子的中值。

随机交配群体内包含近交时的群体平均

当随机交配群体内包含近交时，群体的遗传结构会因近交形成品系而发生变化
见下表

基因型	型值	基因型频率
$A_1A_1$	a	$\overline{p}^2 + \overline{p} \overline{q}F$
$A_1A_2$	d	$2\overline{p}\overline{q}+-2\overline{p} \overline{q}F$
$A_2A_2$	-a	$\overline{q}^2 + \overline{p} \overline{q}F$

$F$ 为群体近交系数； $\overline{p}$ , $\overline{q}$ 为群体内所有品系的平均基因频率
$M_F = a(\overline{p}^2 + \overline{p}\overline{q}F + d(2\overline{p}\overline{q}+-2\overline{p} \overline{q}F))-a(\overline{q}^2 + \overline{p} \overline{q}F)$

C02-2:群体平均与遗传效应
随机交配平衡群体的均值和遗传效应群体平均计算随机交配平衡群体均值的一般式为：: 群体均值: 第 i 个基因的基...
C02: 群体平均与遗传效应
本专辑为《植物数量遗传学》的读书笔记。并加入自己的理解。表现型值与基因型值定义表现型与基因型：表现型：个体的...
数量遗传学10-选择的原理和方程
基本遗传模型 u-群体平均值gi-育种值ei-环境效应正态分布特征将G划分为加性效应和非加性效应gene co...
群体遗传
一、个体对群体遗传组成的影响生物进化是群体遗传组成随着时间的变化而变化。我们的群体由不同的杂交个体组成，其遗传组...
三、理想群体与Hardy-Weinberg法则
群体遗传学研究的目的是为了揭示群体遗传结构变化的机制。群体遗传结构，是指群体遗传变异的大小、时空分布模式或格局，它...
为什么要做重测序与群体遗传（前言）
什么是群体进化群体遗传学（population genetics）：研究群体的遗传结构及其变化规律的遗传学分支...
为什么要做重测序与群体遗传（前言）
什么是群体进化群体遗传学（population genetics）：研究群体的遗传结构及其变化规律的遗传学分支学...
2020-06-24 学习WES数据分析流程3
群体遗传专题-重测序技术介绍群体遗传专题：系统发育基础知识介绍群体遗传专题-structure图的构建与理解 ...
群体遗传学学习笔记（1）
群体遗传学（population genetics）是研究群体的遗传结构及其变化规律的遗传学分支学科。它应用数学和...
群体遗传分化
1. 群体遗传分化的度量（1）F-统计量现实植物自然群体并非是理想群体，如果仅考虑单基因座上一对等位基因，对于...