• tassel需要Java环境

• downloads tassel_5

cd 
wget -c https://bitbucket.org/tasseladmin/tassel-5-standalone/get/5f8d2852556a.zip
zip 5f8d2852556a.zip
mv tasseladmin-tassel-5-standalone-5f8d2852556a/ tassel/

• 添加到环境变量中

echo export "PATH=/tassel/tassel:$PATH" >>.bashrc

• 命令行的tassel有很多的plugin，可以使用下面的命令查看包含了那些plugin

run_pipeline.pl -ListPlugins

• 而如果想要查看plugin的信息，可以使用下面的命令

run_pipeline.pl -<plugin_name> 

• 比如查看listplugin的帮助信息

run_pipeline.pl -ListPlugins

• 命令行的tassel可以使用pipeline同时来运行多条命令，但是需要注意的是，每调用一次plugin，在加完参数后都需要在加上 -endPlugin

run_pipeline.pl -importGuess maize.hmp.txt -KinshipPlugin -method Centered_IBS -endPlugin -ExportPlugin -saveAs maize_kinship.txt -format SqrMatrix

• 多个管道可以交叉进行

管道可以由多个管道组成
要正确使用-fork 和-combine（-fork<id> 指明了需要执行的命令以及顺序 ）
-combine只有在合并多个plugins输出的文件时才使用，作为接下来的plugin的出入
每一个fork都有一个id
Output from a Sub-Pipeline can be used as Input to a another Sub-Pipeline by referencing with the flag -input. (i.e. -input1)
Each Sub-Pipeline (i.e. -fork) runs in it’s own CPU Process (i.e. Thread)

• 上述的举例

run_pipeline.pl -fork1 <plugin> <plugin> -endPlugin -fork2 <plugin> <plugin> -endPlugin -fork3 <plugin> <plugin> <plugin>
run_pipeline.pl -fork1 <plugin> <plugin> -endPlugin -fork2 <plugin> -input1 <plugin> -endPlugin -fork3 <plugin> -input1 <plugin> <plugin>
run_pipeline.pl -fork1 <plugin> <plugin> -endPlugin -fork2 <plugin> <plugin> -endPlugin -combine3 -input1 -input2 <plugin> <plugin> <plugin>
run_pipeline.pl -fork1 <plugin> <plugin> -fork2 <pluginA> <pluginB> -input1
run_pipeline.pl -fork1 -importGuess mdp_genotype.hmp.txt -FilterSiteBuilderPlugin -siteMinAlleleFreq 0.01 -endPlugin -fork2 -importGuess mdp_phenotype.txt -excludeLastTrait -combine3 -input1 -input2 -intersect -FixedEffectLMPlugin -endPlugin -export glm_output

• 改变内存大小

run_pipeline.pl -Xms512m -Xmx10g ...

我自己分析使用正常的代码

• 将vcf文件转换为phy文件，一遍可以构建进化树，然后使用PhyML 构建进化树，但是需要注意的是，这个vcf文件应该只包含SNP信息，不能有indel信息，因为INDEL位点在转换为phy文件时，会变成-或者0，这个0在phylip软件运行时识别不了会报错，也可以把0转换为-。因为这个使用的是全基因组的变异信息，所以INDEL位点实际上影响不是太大，但为了结果的准确性，最好还是使用SNP信息

run_pipeline.pl -Xmx6G -importGuess zheng58_group_genotypegvcf_noother.vcf -ExportPlugin -saveAs zheng58_group.phy -format Phylip_Inter 
#第一次在运行这个命令是报错了，然后我将B73_V4_ctg、Pt和Mt这些开头的都去掉就没问题了
PhyML-3.1_linux64 -i zheng58_group.phy -d generic -b 1000 -m HKY85 -f m -v e -a e -o tlr

参考

Tassel 5.0 Pipeline (Command Line Interface)
Tassel 5 Pipeline Tutorial