美文网首页Cook RR语言与统计分析生物信息学与算法
「r<-图形」ezcox 森林图中点估计方块大小设定

「r<-图形」ezcox 森林图中点估计方块大小设定

作者: 王诗翔 | 来源:发表于2020-05-02 21:12 被阅读0次

    这篇文章与 https://github.com/ShixiangWang/MessageBoard/issues/69https://github.com/ShixiangWang/ezcox/issues/12 相关。


    之前开发的 ezcox 包提供了批量建模和展示森林图的功能,我自认为森林图要比 ggpubr 提供的 ggforest 好看。森林图的绘制实际是基于 forestmodel 的实现。

    forestmodel 一个简单的使用示例如下:

    library("forestmodel")
    #> 载入需要的程辑包:ggplot2
    library("survival")
    library("dplyr")
    #> 
    #> 载入程辑包:'dplyr'
    #> The following objects are masked from 'package:stats':
    #> 
    #>     filter, lag
    #> The following objects are masked from 'package:base':
    #> 
    #>     intersect, setdiff, setequal, union
    pretty_lung <- lung %>%
      transmute(time,
                status,
                Age = age,
                Sex = factor(sex, labels = c("Male", "Female")),
                ECOG = factor(lung$ph.ecog),
                `Meal Cal` = meal.cal)
    
    print(forest_model(coxph(Surv(time, status) ~ ., pretty_lung)))
    

    有读者说展示点估计的方块比较大,能否方便调节。我检查了下这个设置的底层代码,发现默认设定是 5,由于 forestmodel 包本身没有支持这个设定的修改,所以我只有改源码解决。

    安装修改后的版本:

    remotes::install_github("ShixiangWang/forestmodel")
    

    修改方式如下:

    pretty_lung <- lung %>%
      transmute(time,
                status,
                Age = age,
                Sex = factor(sex, labels = c("Male", "Female")),
                ECOG = factor(lung$ph.ecog),
                `Meal Cal` = meal.cal)
    
    print(forest_model(coxph(Surv(time, status) ~ ., pretty_lung),
                       format_options= forestmodel::forest_model_format_options(point_size = 3)))
    

    这个修改也可以直接应用到 ezcox 的图形绘制中去。

    不需要更新 ezcox

    library(ezcox)
    #> Welcome to 'ezcox' package!
    #> =======================================================================
    #> You are using ezcox version 0.4.0
    #> 
    #> Github page  : https://github.com/ShixiangWang/ezcox
    #> Documentation: https://shixiangwang.github.io/ezcox/articles/ezcox.html
    #> 
    #> Run citation("ezcox") to see how to cite 'ezcox'.
    #> =======================================================================
    #> 
    show_forest(lung, covariates = c("sex", "ph.ecog"), controls = "age", 
                format_options= forestmodel::forest_model_format_options(point_size = 3))
    #> => Processing variable sex
    #> ==> Building Surv object...
    #> ==> Building Cox model...
    #> ==> Done.
    #> => Processing variable ph.ecog
    #> ==> Building Surv object...
    #> ==> Building Cox model...
    #> ==> Done.
    

    相关文章

      网友评论

        本文标题:「r<-图形」ezcox 森林图中点估计方块大小设定

        本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/nsylghtx.html