生信分析中功能注释常用数据库下载地址 --- 持续更新

作者: QXPLUS | 来源:发表于2023-01-18 10:29 被阅读0次

生信分析中功能注释常用数据库下载地址 --- 持续更新
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更新于： 2023-01-18

多线程下载工具axel的安装和使用

# 下载源码包
$ wget https://github.com/axel-download-accelerator/axel/releases/download/v2.17.11/axel-2.17.11.tar.gz
# 解压 , 进入目录
$ tar xzvf axel-2.17.11.tar.gz
$ cd axel-2.17.11/
# 检查编译
$ ./configure --prefix=/Work/Rd/Project/tools/axel-2.17.11 [非root用户， 这里替换成你要安装的路径]
$ make && make install
# 下面就可以正常使用了
$ ./axel -h
Axel 2.17.11 (linux-gnu)
Usage: axel [options] url1 [url2] [url...]

--max-speed=x       -s x    Specify maximum speed (bytes per second)
... ...
--help          -h  This information
--timeout=x     -T x    Set I/O and connection timeout
--version       -V  Version information

## 如个人需要，可添加路径到 .bashrc或者.bash_profile中
vi ~/.bash_profile
## 添加到环境变量代码：
export PATH="$PATH:/Work/Rd/Project/tools/axel-2.17.11/bin"
## 保存文件
## 激活环境
source ~/.bash_profile
## 测试是否成功
$ axel -h
Axel 2.17.11 (linux-gnu)
Usage: axel [options] url1 [url2] [url...]

--max-speed=x       -s x    Specify maximum speed (bytes per second)
... ...
--help          -h  This information
--timeout=x     -T x    Set I/O and connection timeout
--version       -V  Version information

Uniref90 : Diamond 数据库格式的文件http://cmprod1.cibio.unitn.it/databases/HUMAnN/uniref90_annotated_v201901b_full.tar.gz (Last modified: 2021-03-19 19G)

Uniref90 Fasta文件： axel -n 24 ftp://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/uniref/uniref90/uniref90.fasta.gz

SwissProt: https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/swissprot.gz (Last modified: 2022-12-31 136M)

NCBI-nr: https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nr.gz (Last modified: 2022-12-31 139G)

NCBI-nt: https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nt.gz (Last modified: 2023-01-03 236G)

GTDB 蛋白库： https://data.ace.uq.edu.au/public/gtdb/data/releases/release207/207.0/genomic_files_reps/gtdb_proteins_aa_reps_r207.tar.gz （Last modified: 23-Mar-2022 40G）
GTDB 核酸库： https://data.ace.uq.edu.au/public/gtdb/data/releases/release207/207.0/genomic_files_reps/gtdb_proteins_nt_reps_r207.tar.gz （Last modified: 23-Mar-2022
57G）

KOBAS : http://kobas.cbi.pku.edu.cn/download/
这只是个官网网址，具体怎么下载和Sqlite3格式的转换和保存还没有尝试。

CAZyme: http://www.cazy.org/IMG/cazy_data/cazy_data.zip

Pfam: http://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/releases/Pfam35.0/Pfam-A.full.gz (Last modified: 2021-11-15 14G)