安装Homer

mkdir homer && cd homer
wget http://homer.ucsd.edu/homer/configureHomer.pl
#检查依赖软件是否已安装，一般生信服务器上都安装有对应软件
perl configureHomer.pl -check
# 下载安装Homer
perl configureHomer.pl -install
echo "export PATH=$PWD:/bin" >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

查看Homer支持哪些物种

perl configureHomer.pl -list

下载对应的物种的数据源(本次的实验物种是水稻)

perl configureHomer.pl -install rice
perl configureHomer.pl -install rice.IRGSP-1.0

安装其他配套软件

• samtools
• R
  R需要安装的依赖包有DESeq2,edgeR

开始分析预测motif

findMotifsGenome.pl <peak/BED file> <genome> <output directory> -size # [options]

HOMER peak文件有至少5列：

findMotifsGenome.pl T0h.Homerpeak.txt rice.IRGSP-1.0 T0h

需要注意的点，有可能你的基因的chr的字符串可能和数据库里的不一致,此时你就直接指定你自己的参考基因组文件即可
findMotifsGenome.pl T0h.Homerpeak.txt rice.IRGSP-1.0.genome.fa T0h -p 16
参数说明：
-bg backgroundpeak.bed #默认是使用基因组作为背景，如果要是有多组之间比较的话，可以使用该参数，指定其他的组的peak bed作为背景
-p 16 指定使用16个cpu运算

输出结果介绍

输出结果在上面指定的第三个参数文件夹T0h内

• homerMotifs.all.motifs 所有的各种长度的motifs

• homerMotifs.motifs10 长度为10的motifs

• homerMotifs.motifs12

• homerMotifs.motifs8

• homerResults de novo的motif信息的文件夹

• homerResults.html de novo 预测的motifs

  
  从头预测的motif

• knownResults 已知的motif信息的文件夹

• knownResults.html

  
  已知的motifs

• knownResults.txt

• motifFindingParameters.txt 运行Homer的各种参数设定

• seq.autonorm.tsv 短核苷酸序列自动矫正情况

参考资料

安装参考地址
Homer peakMotifs官方使用说明
Homer motif官方分析完全说明