家族成员的确定

找到 ”Batch-CDD"工具，输入上一步获得的hitdata.txt文件，以及蛋白序列文件，点击"start“，对其结构进行可视化.

基因家族的特征测定

1. 计算等电点、分子量等需要tab格式，这里我们用到tbtools的”Fasta to Table Convert"工具来进行格式的转化，如下图。

2. 用excel打开刚刚的tab文件，将蛋白序列单独复制到新的文件rice.pep.txt。

3. 利用Expasy来预测蛋白的分子量和等电点。

4. 结果如下图所示，各个结果为单个蛋白的结果。

5.点击下方链接，复制到excel，然后对数据进行分列就可以。

基因家族motif分析

1. 打开meme网页，按下图填写参数即可；

[可选] 如果你想使用linux版本的meme，参数设置如下即可。

2. 等待结果，选择MEME XML output，右键链接另存为保存即可；

3.meme结果可视化：利用tbtools工具的MEME工具，选择刚刚的meme.xml来展示meme结果。

基因家族的基因结构分析

1. 下载水稻基因组gff文件。

2. 选择tbtools的Visuailize Gene Structure (from GTF/GFF3 File)工具。