Gamal El-Dien, O., Ratcliffe, B., Klápště, J., Porth, I., Chen, C., and El-Kassaby, Y. a. 2016. Implementation of the Realized Genomic Relationship Matrix to Open-Pollinated White Spruce Family Testing for Disentangling Additive from Nonadditive Genetic Effects. G3 (Bethesda) 6(3): 743–753. doi:10.1534/g3.115.025957.

摘要

开放授粉（OP）家系测试结合了最简单的已知后代评估和定量遗传学分析，因为假定候选人的后代代表独立的半同胞家庭。遗传参数估计的准确性经常受到质疑，因为OP家庭中“半同胞”的假设可能经常被违反。我们通过分析以加拿大魁北克的一个地点生长的1694个个体为代表的214个白云杉[Picea glauca（Moench）Voss] OP家庭的22岁身高和30岁木材密度，比较了基于谱系和标记的遗传模型。 假设同父异母，基于谱系的模型仅限于估算加性遗传方差，而加性遗传方差又被很小的显性和主要的加x加上位遗传方差所混淆，因此被高估了。相反，实施的基因组成对现实关系的模型允许通过遗传方差分解将加性与所有非加性因素分离。基于标记的模型产生了更现实的狭义遗传力估计，并且首次允许通过OP测试估计优势和上位遗传变异。此外，与谱系模型相比，基因组模型显示出更好的预测准确性，并且能够预测未经测试的家庭的新个体的个体育种价值，而使用基于谱系的模型则不可能。显然，即使在简单和浅谱系结构下，使用基于标记的关系方法也可以有效地估计复杂性状的定量遗传参数。