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利用R语言分析基因表达量和临床特征之间的关系

利用R语言分析基因表达量和临床特征之间的关系

作者: mayoneday | 来源:发表于2019-03-03 23:08 被阅读0次

第一步：利用网页工具得到相关数据

网页工具：cBioPortal

微信截图_20190303223559.png 微信截图_20190303223638.png
微信截图_20190303224111.png

第二步：利用R语言画图

1.读取数据

a=read.table('plot.txt',
             sep = '\t',
             header = TRUE,
             fill=T)#读取数据

library(ggstatsplot)
ggbetweenstats(a, x=Tumor.Stage.2009, y=SOX9..mRNA.expression..all.genes.)
#加载R包后利用R包画图
#该图以Tumor.Stage.2009列数据为X轴
#SOX9..mRNA.expression..all.genes.列数据为Y轴
Rplot.jpeg

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