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利用R语言分析基因表达量和临床特征之间的关系

利用R语言分析基因表达量和临床特征之间的关系

作者: mayoneday | 来源:发表于2019-03-03 23:08 被阅读0次

    第一步:利用网页工具得到相关数据

    网页工具:cBioPortal

    微信截图_20190303223559.png 微信截图_20190303223638.png
    微信截图_20190303224111.png

    第二步:利用R语言画图

    1.读取数据

    a=read.table('plot.txt',
                 sep = '\t',
                 header = TRUE,
                 fill=T)#读取数据
    
    library(ggstatsplot)
    ggbetweenstats(a, x=Tumor.Stage.2009, y=SOX9..mRNA.expression..all.genes.)
    #加载R包后利用R包画图
    #该图以Tumor.Stage.2009列数据为X轴
    #SOX9..mRNA.expression..all.genes.列数据为Y轴
    
    Rplot.jpeg

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