Qiime2 持续更新

• Nature Biotechnology：QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析平台
• 1简介和安装Introduction&Install
• 2插件工作流程概述Workflow
• 3老司机上路指南Experienced
• 4人体各部位微生物组分析Moving Pictures Genome Biology：人体各部位微生物组时间序列分析
• 5粪菌移植分析练习FMT Microbiome：粪菌移植改善自闭症
• mSystems：干旱对土壤微生物组的影响

• 老版本
  文章导读：QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析流程
  1简介和安装
  2插件工作流程概述
  3老司机上路指南
  4人体各部位微生物组分析
  5粪菌移植分析练习
  5粪菌移植分析练习
  6沙漠土壤分析Atacama soil
  7差异丰度分析gneiss
  8数据导入Importing
  9数据导出Exporting
  10元数据Metadata
  11数据筛选Filtering
  12训练特征分类器Training
  13数据评估和质控Evaluating
  14机器学习分类和回归预测Classifier
  15进行纵向和成对样本比较Longitudinal
  16鉴定和过滤嵌合体序列q2-vsearch
  17序列双端合并read-joining
  18使用q2-vsearch聚类OTUs

• 注释：

1. qiime2 qza和qzv格式就是zip的压缩包，可使用unzip直接解压
2. 21个功能模块

q2-alignment # 生成和操作多序列比对
q2-composition # 用于物种数据分析
q2-cutadapt # 从序列数据中删除接头序列，引物和其他不需要的序列
q2-dada2 # 序列质量控制
q2-deblur # 序列质量控制
q2-demux # 混池测序样本拆分和查看序列质量
q2-diversity # 探索群落多样性
q2-emperor # beta多样性3D可视化
q2-feature-classifier # 物种注释
q2-feature-table # 按条件操作特征表
q2-fragment-insertion # 系统发育树扩展，确定准确的进化地位
q2-gneiss # 构建组合模型
q2-longitudinal # 成对样本和时间序列分析
q2-metadata # 处理元数据
q2-phylogeny # 生成和操纵系统发育树
q2-quality-control # 用于特征和序列数据质量控制
q2-quality-filter # 基于PHRED的过滤和修剪
q2-sample-classifier # 样本元数据的机器学习预测
q2-taxa # 处理特征物种分类注释
q2-types # 定义微生物组分析的类型
q2-vsearch # 聚类和去冗余

步骤

1. 数据导入

• qiime tool import

2. 样本拆分

• q2-demux # 混池测序样本拆分和查看序列质量
• q2-cutadapt # 从序列数据中删除接头序列，引物和其他不需要的序列

注意：目前q2-demux和q2-cutadapt不支持双端条码的样品拆分，而且只能在正向序列中查找条码并进行拆分。因此，目前这种类型的样本拆分需要使用其他工具（例如bcl2fastq）在QIIME 2之外完成。

3. 序列质量质控

• q2-dada2 # 序列质量控制
• q2-deblur # 序列质量控制
• 如果您的数据包含任何非生物序列（例如，引物、测序接头、PCR间隔区等），则应该删除这些序列。

4. 双端合并

• q2-vsearch插件的join-pairs方法

5. 相似序列分组（去噪，聚类）

• q2-vsearch # 聚类和去冗余
• q2-dbotu

6. 物种分类

• feature-classifier

7. 分析特征表获得新发现

• 系统发育树
• a多样性
• b 多样性
• 样品之间差异
• 机器学习，回归器预测