一、一些小问题，留给以后慢慢解决

1. 上一次跌跌撞撞安装了两个软件bowtie2和samtools但是还不会用它们来干活。。。期待早点儿学到怎么用它们。。。

2. 但是又发现了问题啊。在家用Mac电脑的终端，通过ssh登录到服务器后跳出这个提示-bash: warning: setlocale: LC_CTYPE: cannot change locale (UTF-8): No such file or directory。虽然后续的操作好像没啥影响，但是很影响心情啊。看到有牛人写了原因和解决办法，https://www.jianshu.com/p/2b24861be987。但是看不懂啊。。

二、在B站“生信人应该这样学Linux”第7讲-环境变量

1，话说安装了bowtie2之后，必须在安装文件夹下进行操作，系统才认识这个软件。比如我的bowtie2在/data/zds209/software/bowtie2/bowtie2-2.2.3/ 这个文件夹下，每次都要cd到这个文件夹，然后才能调用bowtie2，而且必须用命令./bowtie2 -h 。

把上面这个文件夹添加到$PATH里面。

echo $PATH
export PATH=$PATH:"/data/zds209/software/bowtie2/bowtie2-2.2.3/ "意思是PAHT就等于原来PATH的内容后面跟着 :加上新的路径。
这样就把这个路径添加到环境变量里啦。直接在任何目录下输入bowtie2 -h,都可以调用它了。但这个是临时的。还是要添加到bshrc才行。

到家目录下，输入vim .bashrc
export PATH=/data/zds209/software/bowtie2/bowtie2-2.2.3:$PATH
这个写法是把新加入的路径放到原来PATH的前面。效果其实一样的。
之后退出vim通过esc键。再输入:wq保存。
最后source .bashrc，就添加号环境变量啦。

同样也可以加入samtools的路径
export PATH=/data/zds209/software/samtools/samtools-1.15.1:$PATH

2. PS1设置。PS1是Linux终端用户的一个环境变量，用来定义命令行提示符的参数。echo $PS1命令可以查看个人设置。也可以更改设置。

默认的是这样：[\u@\h \W]$，可以按照下面这样改提示符颜色的显示内容。

vim .bashrc
PS1="\[\e[37;40m\][\[\e[32;40m\]\u\[\e[37;40m\]@\h \[\e[36;40m\]\w\[\e[0m\]]\\$ " 
或者
PS1='[\[\e[32;40m\]\u@\h \w \t]$ \[\e[0m\]' 

:wq#保存并退出

3. 用cat >>~/.bashrc 来添加环境变量，而不用每次都vim打开之。

先看看这个文件吧。cat ~/.bashrc | wc 来看bashrc有几行。
`cat >> ~/.bashrc
PS1="[\e[32;1m]\u [\e[33;1m]\t [\e[35;1m]\w[\e[0m]\$"
再control+C退出cat编辑。
source ~/.bashrc
就可以发现提示符变化了。彩色很漂亮哦。再看看.bashrc文件，会发现多了一行。。

image.png

4. fastq文件后缀 .fq，见的过了就认识啦。fasta文件后缀是.fa。

5. 学习bowtie2的使用

bowtie2 --help查看帮助文档
bowtie2用来做比对，需要参考基因组和fastq数据文件。
在安装文件夹下有example是例子文件，进入该文件夹，通过tree -h命令查看有哪些文件。
参考基因组要做索引，example里面在index文件夹下。
进入example下，ls -lh index/来查看index文件夹下有6个文件，这是由fasta文件转换来的。

可以通过官方网址下载常用index，比如hg38、mm10
http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml#how-is-bowtie-2-different-from-bowtie-1
也可以自己构建index，towtie2 -build这个命令可以把fa格式文件转成6个index文件。

6. 双端单端flag啥意思，不理解没法学bowtie2的意义啊。