1,简介
Vina由美国 The Scripps Research Institute的Dr. Oleg Trott
设计创立,全称为AutoDock Vina。
网站:http://vina.scripps.edu/
学术版:免费
Vina的打分函数是基于力场的打分函数,主要计算了范德华力以及库仑力。
2,软件下载
想要运行vina首先需要下载两个组件:
(1)ADT又称AutodockTool
准备程序,主要是在可视化界面准备蛋白以及配体。
下载链接:http://mgltools.scripps.edu/downloads
(2)Vina
运行程序,按照配置文件,进行分子对接。
下载链接:http://vina.scripps.edu/download.html
按照需要下载不同的版本,win64/32下载win版本,linux下载linux版本
3:安装Vina
ADT比较好安装,一直点点点,everyone like this.主要是vina,我们来进行vina的安装教程。
(1)下载好vina安装包。
Vina安装包
(2)点击安装
接下来就是进入’next‘以及’I agree‘环节,不过有一点需要注意。
在最后一步,记住安装的位置,一般默认为:
C:\Program Files (x86)\The Scripps Research Institute\Vina\
不过我不喜欢在C盘太多软件,我会将他安装在D盘,我的安装目录为:
D:\Software\AutoDock\ADT\vina\
请记住自己的安装目录
(3)修改环境变量
右键我的电脑,点击属性
在出现的对话框中,点击高级系统设置
高级系统设置.png
在出现的系统属性对话框中,点击环境变量
环境变量
在出现的环境变量对话框中,选择系统变量的path,然后点击编辑
Path
再出现的对话框中,点击新建,然后,将vina的安装路径,蓝色部分
我的安装路径就是这个:
D:\Software\AutoDock\ADT\vina
然后就将他复制到蓝色部位
编辑环境变量
点击确认
键盘按下win+R,出现的对话框中输入cmd
cmd
在出现的命令行界面中输入,vina,点击回车键(Enter),出现如下界面即为成功安装vina,🙂
输入vina
恭喜各位小仙女与看官老爷们完成vina的基础环境变量配置。
PS:此为Win10系统,配置流程,windows其余系统的思路类似,细节有差别。
至于linux玩家,大神一行代码,新手嘛,一路顺风。
今天的教程到这里,一部分一部分走就好。
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