在企业的内部控制体系中，虽然也有内部审计这样的部门，起着对内部控制的有效性的监督作用，但一般提到内部控制审计，是指的独立于企业之外的第三方，如会计师事务所或是独立注册会计师接受委托，对企业内部控制设计与运行的有效性进行独立审计 。
对内部控制运行的有效性发表审计意见（无保留意见；带强调段的无保留意见；否定意见；无法表示意见）是注册会计师的责任。
而由于注册会计师的专业性，意味着注册会计师所进行的内部控制审计会侧重于财务报告内部控制实施目标的审计评价；而我们知道，内部控制建设 是一项系统工程，是“企业内部各职能部门共同参与”，而不仅仅是对财务部门以资金活动为中心的控制，所以，在《企业内部控制审计指引》中，特别指出——注册会计师除了要对“”财务报告内部控制”的有效性“”发表意见外，对非财务报告内部控制的重大缺陷，则要在内部控制审计报告中的“非财务报告内部控制重大缺陷描述段”予以披露。
（来自中华网校高会笔记 ）
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