[toc]

1.简介

PD全称Proteome Discoverer，是ThermoFisher在2008年推出的商业Windows软件，没错，收费，还不菲。而且主要也是针对他们家的obitrap产出数据。但在业内用得比较多，尤其是在学术界（因为大部分科研人员只会鼠标点点框）。蛋疼的是你就算买了软件还得配个Windows服务器，因为普通个人电脑可遭不住这种大规模数据的搜索。

除了蛋白鉴定定量，PD还可以做质谱数据的转化。但是我之前比较过，PD转化的结果和MSConvert或ThermoRawFileParser的结果有些差别，不知哪个更可信些。【ThermoRawFileParser】质谱raw格式转换mgf

突然觉得没必要写PD的使用指南。因为你如果没买他们家软件，根本不用看这份推文；你要是买了，会有技术工程师上门服务，专门给你安装配置以及培训。最主要的是，我自己基本用不到这款软件（除了格式转化）。所以我后来干脆贴一个文件，用得着的朋友自行下载。

2.安装与配置

image.png

PD安装手册：
链接: https://pan.baidu.com/s/1B5t9l-sDuQjXhqIRv4eV3A 提取码: mzhp

3.分析流程

image.png

4.结果

image.png
image.png

懒得写了，直接贴文档：

PD使用指南：
链接: https://pan.baidu.com/s/174HQLVE-8GVW-mnufGm4gQ 提取码: x2ak

---

蛋白质组学鉴定定量软件总结：
【1】蛋白质组学鉴定软件之X!Tandem
【2】蛋白质组学鉴定软件之Comet
【3】蛋白质组学鉴定软件之Mascot
【4】蛋白质组学鉴定软件之MSGFPlus
【5】蛋白质组学鉴定定量软件之PD
【6】蛋白质组学鉴定定量软件之MaxQuant