学习小组Day3笔记(补)-阿含-2020-10-07

一、minicanda 的安装

• 创建安装目录

  cd ~/biosoft
  

• 下载安装脚本

  wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
  

• 使配置文件生效

  source ~/.bashrc
  

• 命令行输入 conda -v 看到有版本号输出说明成功了

  conda -V
  

二、minicanda 的软件安装与卸载

• 已安装软件目录

  conda list
  

• 查找软件

  conda search fastqc
  

• 软件安装

  conda install fastqc -y # 默认最新版本
  conda install fastqc=0.11.7 -y # 指定版本
  

• 卸载软件

  conda remove fastqc -y
  

三、minicanda 的环境配置

• 查看当前conda环境

  conda info --envs
  

• 创建新的conda环境

  conda create -n rna-seq python=3 -y # 创建rna-seq的conda环境，python版本指定为3 -y:say yes in every step
  conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y # 创建环境的同时安装软件fastqc，trimmomatic
  

• 激活新的conda环境

  conda activate rna-seq
  

• 退出当前conda环境

  conda deacivate
  

四、Typora工具

• 一个很好用的工具，可以用来打草稿，推荐Github格式，之后源码模式粘贴到简书，markdown格式保留。