linux的应用商店---conda

与大家所熟知的App store相似，linux自然也有自己的一个软件下载器---conda。

conda介绍

Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。

根据星球的知识结合下面的所属关系图，不难理解日常生信使用的miniconda确实是小而精悍；它不仅包含了conda、python，还包括一些基础的软件包。

CONDA.png

miniconda下载

1、百度/谷歌搜索“miniconda 清华”（是清华的conda镜像网站）
2、官方网址进入
3、点击该网址：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
4、打开Xshell 6，输入命令 uname -a，查看服务器的位数
5、回到步骤3的网址，选择跟服务器位数一致的最新miniconda版本（latest）
6、在该网址，鼠标右键复制下载链接（https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh）
7、回到服务器，输入命令cd biosoft---进入biosoft目录
8、输入命令 wget 复制的下载链接，注意：

sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀，也就是说其实这是一个下载的脚本，如果你安装失败了，这个脚本是不需要重新下载的，还是可以用的。

9、使用命令bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 进行miniconda安装
10、安装成功后，记得激活conda，命令source ~/.bashrc，之后再输入命令conda，出现下面长篇幅信息，则成功：

安装并激活成功.png
11、添加镜像：把下面的代码全部复制到命令行，粘贴、回车：

使用清华镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

Conda使用练习

conda list ：查看当前服务器上安装的所有软件列表
conda search 软件名：搜索conda软件 ，例如：conda search fastqc
conda install 软件名 ：安装软件 ，例如：conda install fastqc。安装过程中conda问你的问题要全部回答yes，简化此步骤的命令是：conda install fastqc -y

注意：软件安装时，默认是安装最新版本，但是有的软件新版本bug比较多，这时可能就需要用到老版本。则命令行需要在软件名后跟上软件版本号，例如：conda install fastqc=0.11.7 -y

conda remove：卸载软件，例如：conda remove fastqc -y

conda 环境概念

生信分析中，可能会遇到分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。每一个项目都需要不同的软件，甚至是软件不同的版本。解决该问题的办法就是就是分身。按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的conda environment。