【R>>e1071】tune.svm亚型预测

作者: 高大石头 | 来源:发表于2021-07-08 11:57 被阅读0次

【R>>e1071】tune.svm亚型预测
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疾病亚型预测中常用NTP方法，今天发现一位大神用svm预测亚型，并且在附件中还加入了代码，下面就来围观下吧。

发表杂志：Frontiers in Oncology
PMID：34222009

在原文中作者这样说：

接下来是附件中作者的代码：（为便于学习，直接插入代码块吧）

library(e1071)
tObj = tune.svm(scale(t(TCGA.sigGenes.exp)),factor(TCGA.cluster),
                probability = TRUE,
                cost=c(0.001,0.01,0.1,1,5,10,100,1000), scale=F)
geo.cluster = predict(tObj$best.model,scale(t(GEO.sigGenes.exp)))

Supplemenatary files
参考链接：
Comprehensive Landscape of Ovarian Cancer Immune Microenvironment Based on Integrated Multi-Omics Analysis

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