Count to TPM

作者: 庄小尽 | 来源:发表于2020-05-21 09:15 被阅读0次

    先加载fpkm的表达数据

    load("D:/桌面/downstream_analyse/12_thca/fpkm/thca_fpkm.Rdata")
    fpkmToTpm <- function(fpkm)
    {
      exp(log(fpkm) - log(sum(fpkm)) + log(1e6))
    }
    
    class(dat)
    rownames(dat) <- dat$gene_id
    dat[,1] <- NULL
    par(1,2)
    boxplot(dat[,1:20],las=2)
    tpms <- apply(dat,2,fpkmToTpm)
    tpms[1:3,]
    boxplot(tpms[,1:20],las=2)
    colSums(tpms)
    library(patchwork)
    
    boxplot(dat[,1:10],las=2)
    boxplot(tpms[,1:10],las=2)
    
    
    

    相关文章

      网友评论

        本文标题:Count to TPM

        本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/oiiaohtx.html