load("D:/桌面/downstream_analyse/12_thca/fpkm/thca_fpkm.Rdata")
fpkmToTpm <- function(fpkm)
{
exp(log(fpkm) - log(sum(fpkm)) + log(1e6))
}
class(dat)
rownames(dat) <- dat$gene_id
dat[,1] <- NULL
par(1,2)
boxplot(dat[,1:20],las=2)
tpms <- apply(dat,2,fpkmToTpm)
tpms[1:3,]
boxplot(tpms[,1:20],las=2)
colSums(tpms)
library(patchwork)
boxplot(dat[,1:10],las=2)
boxplot(tpms[,1:10],las=2)
先加载fpkm的表达数据
RSEM的数据整合只能整合count内容所以简单写了个函数整合RSEM的TPM,FPKM,COUNT
https://cloud.tencent.com/developer/article/1906294 #####...
由reads count数计算TPM 和FPKM下载gff文件http://venanciogroup.uenf....
read counts 比对到基因的reads数目； raw count为差异表达分析的输入数据，Deseq2等差...
三种获得基因长度的方法(qq.com)[https://mp.weixin.qq.com/s/iYuXXPMEsB...
1、关于FPKM, RPKM, TPM在RNA-Seq的分析中，对基因或者转录本的reads count数目进行...
总结好的转化编码拿去使用[https://haroldpimentel.wordpress.com/2014/05...
为什么需要标准化 标准化的主要目的是去除测序数据的技术偏差：测序深度和基因长度。 #测序深度：一个片段测了几遍 #...
单细胞测序分析预处理结束，拿到原始count或者TPM文件后，我们到了下游分析处理环节。 Seurat包是单细胞入...
本文标题：Count to TPM
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/oiiaohtx.html
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