01—研究背景
今天给大家介绍的是用 R程序包limma[1]差异分析 limma包是2015年发表在Nucleic Acids Resarch一个做差异分析的工具，目前引用次数高达七千多次。Limma包是基于voom的算法，它既可以对芯片数据进行差异分析，也可以对转录组高通量测序数据进行差异分析。
02—操作方法
1.打开网址：http://sangerbox.com/Tool点击“limma快速差异分析工具”即可进入分析界面2.输入数据格式表达矩阵：行名为Gene Symbol，列名为样本名称，如下图所示
分组矩阵：共两列，第一列为样本名称，要与表达矩阵的样本名一一对应，第二列为样本的分组信息（limma包通常适用于两组样本之间做差异分析），如normal与tumour如下图所示：
3.参数设置
4.结果目录：在个人中心有结果目录，如果事先不指定运行结果目录，默认输入到limma_DEG目录下，结果如下图所示：
结果文件中包含差异基因火山图和差异基因热图，如下图所示。
参考文献
[1] Ritchie ME, Phipson B, Wu D, et al. limma powers differential expression analyses for RNA-sequencing and microarray studies. Nucleic Acids Res. 2015;43(7).
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