多序列比对（或多序列联配，multiple sequence alignment，MSA），是指把多条（3 条或以上）有系统进化关系的蛋白质或核酸序列进行比对，尽可能地把相同的碱基或氨基酸残基排在同一列上。这样做的意义是，对齐的碱基或氨基酸残基在进化上是同源的，即来自共同祖先（common ancestor）。下图是一个 MSA 的例子。
多序列比对大家一定不陌生了吧，但是用R直接绘制多序列比对大家一定没见过吧，今天小云就用最简单的代码和数据给大家演示一遍：
文件准备：
多系列比对文件/序列文件；准备成fasta格式（以“>”开头，加基因名，第二行是序列）
###加载R包，如果没有安装则自动安装
if(!require(ggmsa))install.packages("ggmsa")
####读取数据：
fai<-"t.fa"
###画图并保存图片，如图不清晰或字体重叠，需要调整长宽，可输入序列比对数据
pdf(file = "aligned_fasta.pdf",width = 30,height = 3)
ggmsa(fai,char_width = 0.5, seq_name = TRUE)+
geom_seqlogo() + geom_msaBar()
dev.off()
结果图：
网友评论