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技能树直播课程学习-WGCNA-0-基础知识

技能树直播课程学习-WGCNA-0-基础知识

作者: 大吉岭猹 | 来源:发表于2020-05-07 17:16 被阅读0次

    1. 基本步骤

    1. 数据输入和清洗
    2. 网络构建和模块检测
    3. 量化模块和样本性状的关系
    4. 挑出感兴趣模块内部的基因
    5. 可视化TOM矩阵
    6. 将网络导出到外部数据进行可视化

    2. 加权共表达网络的类型

    • signed or unsigned
    • 一般使用 unsigned,因为不论是正相关还是负相关都是我们所关心的,但对于特殊的生物学故事可能需要使用 signed
    • 目前据我所知使用以下函数时需要设置加权共表达网络类型(默认是 unsigned)
      • pickSoftThreshold()
      • blockwiseModules()
      • adjacency()
      • TOMsimilarityFromExpr()
      • TOMsimilarity()

    3. 注意事项

    • 样本数建议不少于 15

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