通过bcftools合并不同种群的vcf文件

通过GATK calling出来的SNP如果使用UnifiedGenotype获得的SNP文件是分sample的，但是如果使用vcftools或者ANGSD则需要Vcf文件是multi-sample的，这里就需要我们将不同samples的文件进行合并，可以通过vcftools的perl模块进行，但是这种方式对perl的要求较高，且操作比较复杂，这里我们选择使用Bcftools，操作简便。

分三步：

将vcf进行压缩，批量压缩的方法：

bgzip -c -f -@ 10 sample.vcf > sample.vcf.gz

-c, --stdout            write on standard output, keep original files unchanged
-f, --force             overwrite files without asking
-@, --threads INT       number of compression threads to use [1]

2. 对生成的vcf.gz进行index：

bcftools index sample.vcf.gz

-t, --tbi            generate TBI-format index for VCF files

3.合并操作：

bcftools merge A.vcf.gz B.vcf.gz >  merge.vcf.gz

-m, --merge <string>               allow multiallelic records for <snps|indels|both|all|none|id>, see man page for details [both]
-o, --output <file>                write output to a file [standard output]
-O, --output-type <b|u|z|v>        'b' compressed BCF; 'u' uncompressed BCF; 'z' compressed VCF; 'v' uncompressed VCF [v]
-l, --file-list <file>             read file names from the file