XPEHH参见: https://mp.weixin.qq.com/s/1IM6KSCGIq0cUJhKKXVcI...[作者空间]
超级泛基因组：代表一个属内所有物种的基因组信息，是对泛基因组的进一步扩展。 2020年发表在TrendinPlan...[作者空间]
混合线性模型MLM：GLM模型中，如果两个表型差异很大，但群体本身还含有其他的遗传差异（如地域等），则那些与该表型...[作者空间]
输入文件为exmma的输出ps文件，整理为ps2文件，格式如下 调用命令为[作者空间]
注：本次使用的数据为不同品种李子重测序 1.准备工作 首先下载相应的参考基因组及注释文件{本次使用的参考基因组为三...[作者空间]
拖拖拉拉用了一年时间才把GWAS整个流程捋完，从背景到code、还有过程中遇到的一些bug以及解决办法，加起来也有...[作者空间]
五.GWAS分析 书接上回https://www.jianshu.com/p/0147afc3334c[https...[作者空间]
gVCF文件生成：GATK4 —— Variant Calling （SNP+indel） - 简书 (jians...[作者空间]
在对bam文件进行排序后，需要去除重复序列，以减少后续分析的计算压力。 sam文件转换为bam文件——SAMtoo...[作者空间]
通过GATK calling出来的SNP如果使用UnifiedGenotype获得的SNP文件是分sample的，...[作者空间]
y一、认识文件名 五大格式文件：ped&mapbed&fam&bim 各自存储何种数据 五种格式 ①ped（ped...[作者空间]
一、CDH6要求和支持的版本 官方指导：https://docs.cloudera.com/documentati...[作者空间]
写在前面IGV能够将基因组的变异情况可视化，因此广泛应用于基因组学的研究中。下面我以windows下的IGV为例，...[作者空间]
众所周知，全基因组关联分析（GWAS）发现的很多变异位点基本为非编码，这些变异位点1）要么调控基因表达（eQTL）...[作者空间]
作者：ahworld链接：内参基因筛选在线版GeNorm和NormFinder工具发布[https://mp.we...[作者空间]
早在本科学习比较基因组学期间就有意做一些知识分享，毕竟目前学得的七成生信知识是源自最早做知识分享的前辈们。计划一直...[作者空间]
转自：http://www.360doc.com/content/18/0208/11/19913717_7285...[作者空间]
一句话评价：重复序列注释用EDTA就完事了。 简介 EDTA, 全称是 Extensive de-novo TE ...[作者空间]
1 介绍 基因组重测序是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序，并在此基础上对个体或群体进行差异性分析。 ...[作者空间]
