• 远程登录服务器：ssh 用户名@服务器地址 -p 端口号,回车然后输入密码就好了

1.目录操作命令

1.1

  pwd:查看自己现在所在的路径。

1.2

  ls：查看当前目录下包含的文件。
  ls -l：查看当前目录下各文件具体信息。
  ll -h：以一种方便读的形式展示文件的大小。

1.3

  cd 文件夹：进入该文件夹。
  cd /：这个进入根目录
  cd ~: 进入家目录
  cd .：当前目录
  cd ..：上一级目录
  cd -：返回之前所在的目录(相当于电视的回看功能)

1.4 路径

  绝对路径：用pwd显示出来的路径就是绝对路径(比如：cd /home/u2025/training20200405/linux_training/DATA就是DATA的绝对路径)
  相对路径：如：我现在在linux_training目录下，cd DATA就可以进入DATA目录了

1.5 文件夹大小

  du -h: 就可以看某文件夹下各个文件以及文件夹的大小。
  du -h -s(或者du -sh): 就可以看某文件夹的总的大小。

2 文件查看

2.1 cat 命令

$ cat atha_FAD4.fa 
>atha|AT1G62190.1
MAVSFQTKNPLRPITNIPRSYGPTRVRVTCSVTTTNPQLNHENLVVEKRLVNPPLSKNNDPTLQSTWTHRLWVAAGSTTIFASFAKSIIGGFGSHLWLQPALACYAGYVFADLGSGVYHWAIDNYGGASTPIVGAQLEASQGHHKYPWTITKRQFANNSYTIARAITFIVLPLNLAINNPLFHSFVSTFAFCILLSQQFHAWAHGTKSKLPPLVMALQDMGLLVSRKDHPGHHQAPYNSNYCVVSGAWNKVLDESNLFKALEMALFFQFGVRPNSWNEPNSDWTEETETNFFTKI
>atha|AT2G22890.1
MATSLQTKYTLNPITNNIPRSHRPSFLRVTSTTNSQPNHEMKLVVEQRLVNPPLSNDPTLQSTWTHRLWVAAGCTTVFVSFSKSIIGAFGSHLWLEPSLAGFAGYILADLGSGVYHWATDNYGDESTPLVGIHIEDSQDHHKCPWTITKRQFANNLHFMARGTTLIVLPLDLAFDDHVVHGFVSMFAFCVLFCQLFHAWAHGTKSKLPPLVVGLQDIGLLVSRIHHMNHHRAPYNNNYCVVSGVWNKVLDESNVFKAMEMVLYIQLGVRPRSWTEPNYE
>atha|AT4G27030.1
MAVSLPTKYPLRPITNIPKSHRPSLLRVRVTCSVTTTKPQPNREKLLVEQRTVNLPLSNDQSLQSTKPRPNREKLVVEQRLASPPLSNDPTLKSTWTHRLWVAAGCTTLFVSLAKSVIGGFDSHLCLEPALAGYAGYILADLGSGVYHWAIDNYGDESTPVVGTQIEAFQGHHKWPWTITRRQFANNLHALAQVITFTVLPLDLAFNDPVFHGFVCTFAFCILFSQQFHAWAHGTKSKLPPLVVALQDMGLLVSRRQHAEHHRAPYNNNYCIVSGAWNNVLDESKVFEALEMVFYFQLGVRPRSWSEPNSDWIEETEISNNQA
$ tac atha_FAD4.fa
MAVSLPTKYPLRPITNIPKSHRPSLLRVRVTCSVTTTKPQPNREKLLVEQRTVNLPLSNDQSLQSTKPRPNREKLVVEQRLASPPLSNDPTLKSTWTHRLWVAAGCTTLFVSLAKSVIGGFDSHLCLEPALAGYAGYILADLGSGVYHWAIDNYGDESTPVVGTQIEAFQGHHKWPWTITRRQFANNLHALAQVITFTVLPLDLAFNDPVFHGFVCTFAFCILFSQQFHAWAHGTKSKLPPLVVALQDMGLLVSRRQHAEHHRAPYNNNYCIVSGAWNNVLDESKVFEALEMVFYFQLGVRPRSWSEPNSDWIEETEISNNQA
>atha|AT4G27030.1
MATSLQTKYTLNPITNNIPRSHRPSFLRVTSTTNSQPNHEMKLVVEQRLVNPPLSNDPTLQSTWTHRLWVAAGCTTVFVSFSKSIIGAFGSHLWLEPSLAGFAGYILADLGSGVYHWATDNYGDESTPLVGIHIEDSQDHHKCPWTITKRQFANNLHFMARGTTLIVLPLDLAFDDHVVHGFVSMFAFCVLFCQLFHAWAHGTKSKLPPLVVGLQDIGLLVSRIHHMNHHRAPYNNNYCVVSGVWNKVLDESNVFKAMEMVLYIQLGVRPRSWTEPNYE
>atha|AT2G22890.1
MAVSFQTKNPLRPITNIPRSYGPTRVRVTCSVTTTNPQLNHENLVVEKRLVNPPLSKNNDPTLQSTWTHRLWVAAGSTTIFASFAKSIIGGFGSHLWLQPALACYAGYVFADLGSGVYHWAIDNYGGASTPIVGAQLEASQGHHKYPWTITKRQFANNSYTIARAITFIVLPLNLAINNPLFHSFVSTFAFCILLSQQFHAWAHGTKSKLPPLVMALQDMGLLVSRKDHPGHHQAPYNSNYCVVSGAWNKVLDESNLFKALEMALFFQFGVRPNSWNEPNSDWTEETETNFFTKI
>atha|AT1G62190.1
# tac命令就是把文件内容倒着查看

2.2 less命令

  $ less atha.gff # 但是这样如果一行太长就会换行，看起来不方便。
  $ less -S atha.gff # 这样就不会换行了
  $ less -S -N atha.gff # -N可以显示每行的行码
  $ alias les='less -S' # 为了以后每次查看是方便，利用alias创建别名，以后就可以利用les命令，做less -S的工作了(但是只是对当前会话生效)。

2.3 head和tail命令

  $ head -n atha.gff # n是几就可以从头查看几行
  $ tail -n atha.gff # 从末尾开始查看

2.4 wc命令

  $ wc atha.gff # 查看有多少行
  # 小练习1：提取atha.gff文件的400行到500行到subset.gff文件中
  $ head -500 atha.gff | tail -101 >subset.gff # |是管道符号，意思就是把head -500 atha.gff的输出内容传递到tail -101中去，省去了中间过渡文件了。
  # 小练习2：查看atha.fasta文件有多少条序列
  $ grep '>' atha.fasta | wc # grep 可以提取单引号中字符为首的行。
  # 小练习3：检查序列有没有重复
  $ grep '>' gmax.fasta | sort | uniq -d # uniq 命令检查检查重复，但是只能去除掉相邻的重复，所以需要先排序一下，然后进行去重复。-d参数打印出有哪些是重复的；-c参数打印出每项的出现次数。

2.5 修改文件内容

  $ vi README.md # 进入vi编辑器，刚开始进入时是一般模式，按I键进入编辑模式，然后就可以输入自己想输入的内容，编辑完按ESC键，然后按冒号，在冒号后输入wq(w:write;q:quit)就退出编辑器了。

3 重定向和管道

  >:重定向到某文件（覆盖）
  >>：叠加到某文件

4 文件操作

  cp 文件名：拷贝文件
  rm 文件名：删除文件
  cp -r 文件夹：拷贝文件夹
  rm -r(f) 文件夹: 删除文件夹，f是强制删除