LDheatmap包使用

作者: 良田农庄 | 来源:发表于2019-03-26 22:21 被阅读0次

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绘制染色体特定片段的LDheatmap
使用LDheatmap包
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snp<-read.csv("片段截取的hmp文件",sep=",",header=T)
library(genetics)
num<-ncol(snp) 
 for(i in 1:num){
   snp[,i]<-as.genotype(snp[,i]) 
# convert the columns of the original data frame into  genotype objects
 }

LDheatmap包使用
绘制染色体特定片段的LDheatmap使用LDheatmap包genetics转换数据格式
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1.使用io包： 2.使用os包循环遍历读取写入： 3.使用ioutil包:
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