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转录因子预测-5reticulate调用python的arbor

转录因子预测-5reticulate调用python的arbor

作者: oceanandshore | 来源:发表于2023-06-25 17:02 被阅读0次

SCENIC 转录因子预测需要用 reticulate调用python的arboreto 模块加快运算
安装好reticulate之后,arboreto安装不上,报错。

Error: one or more Python packages failed to install [error code 1]

PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels:    - arboreto

然后搜索报错代码,试了网上的很多方法都不行。 然后打算直接在python里面安装这个模块好了。结果打开cmd 命令行,发现也安装不上报错如下

 File "<stdin>", line 1
SyntaxError: invalid syntax

又折腾了好久,还是不行。

然后打算用yscenic做好了。然后发现打开python,也是报错。

最后简单粗暴的把电脑上安装的python卸载,还是不行。又把搜索到python.exe程序的全部强制删除。 然后重新下载安装了win版本的python。然后又把pycharm 里面的python 编译器选择成最新的。 然后用R试了下,居然可以了!!!

最后总结:报错是因为之前python安装太多了。全部卸载干净就好。

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使用reticulate在R中调用python - 简书 (jianshu.com)
🤔 Reticulate | 如何在Rstudio中优雅地调用Python!? - 简书 (jianshu.com)
aertslab/arboreto: giuhub

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