如何预测转录因子的结合位点

原创 如期生物

转录因子预测的网站有比较多，本着实用至上的原则，今天以人的“转录因子SPI1”和“FAU的启动子“为例给大家简要介绍如何利用"JASPAR"网站预测转录因子的结合位点（transcription factor binding site，TFBS）：

点击如下链接，打开JASPAR数据库

https://jaspar.genereg.net/

在检索框内

输入需要预测的转录因子名称“SPI1”；并点击“Advanced Options”，进行数据库、物种等参数设置，（由于参数的设置并非必须，为了便于操作，以默认的参数进行后续预测）：如下图：

点击“Serch"键，检索转录因子的结合序列：

勾选需要用来进行预测的ID（可以把人的“SPI1”项全部选上），并点击右侧“Scan"选项，输入启动子序列：

点击序列输入框下方“Scan"，注意：若检索到的结合位点比较多，可以通过修改“Relative profile score threshold”参数进行限制，如这次因为结果数太多，我把参数值高到“90”进行限制：

   6.下图红框内的就是预测的结果：

  a."score"是综合评分，数值越高越可信

   b."start"与“end"：预测序列起始与结束位置

   c.Strand:"-+"指示正义链还是反义链。

   d.Predicted sequence:即为预测到的启动子结合序列。

PS:可以点击对应的ID号看具体的信息，或把结果复制出来，自行在启动子序列上进行比对，标记转录因子在启动子上的结合位置；然后围绕这个位置设计CHIP-qPCR引物。