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测序数据类型整理(bam,sam,bw等)

测序数据类型整理(bam,sam,bw等)

作者: 蜘蛛鱼 | 来源:发表于2020-02-29 10:36 被阅读0次
    • fastq:测序返回的数据,主要是序列信息和对应的质量值
    • fasta:用于序列存储
    • sam:sequence alignment/map format fastq文件map到基因组之后的文件
    • bam:sam的二进制压缩版本
      但我们并不需要具体某条reads的碱基序列,碱基质量值,所以把bam文件压缩成bw(只包含区域和区域的覆盖度信息)
    • bed:一般代表区域信息
    • wig:包括染色体长度,步长多少,span多少
    • bw:bigwig格式,规定了全基因组每个坐标区间的测序深度,是wig文件的二进制压缩版本
    • bedgraph:bed与wig的结合,是bed文件的拓展,一共4列,展示信息与wig类似
      染色体序号,起始位置与结束位置,value值

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