本周最新文献速递20220327
一、精细解读文献 一
文献题目： Genetic regulation of post-translational modification of two distinct proteins
不想看英文题目： 两种不同蛋白质翻译后修饰的遗传调控模式
杂志和影响因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
研究意义： 翻译后修饰 (PTM) 使得蛋白质产生多样性并影响大部分细胞的生理状态。N-糖基化属于常见的 PTM ，然而，其遗传调控机制仍不清楚。为此，作者以转铁蛋白和免疫球蛋白 G (IgG) 糖基化为例探究 PTM 的遗传调控机制；
结论：
- 总共有两个研究队列（CROATIA-Korcula 和 VIKING）的 35 个转铁蛋白 N-糖基化表型 (N = 1890)、24 个 IgG N-糖基化表型(N = 2020) 被纳入研究中；
- 在 CROATIA-Korcula 队列中，鉴定了 8 个与转铁蛋白 N-糖基表型显着相关（ p ≤ 1.43 × 10 -9），其中 6 个在 VIKING 队列中成功复制 (p ≤ 0.00625)。6 个基因座上的基因包括： (MGAT5, ST3GAL4, B3GAT1, FUT8 and FUT6 和 TF)；
- 转铁蛋白 N-糖基化表型的遗传度在 0-67% 之间；
- 条件分析鉴定了 15 个独立的信号、10 个独立的基因座；
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- 对 10 个基因座上的基因进行注释，发现大多数基因与 N-糖基化有明显的生物学关系，比如 MGAT5、ST3GAL4、B3GAT1、FUT8 和 FUT6 基因，是蛋白质糖基化中的关键酶，与 IgG 或总血浆蛋白糖基化相关；
- eQTL 分析显示转铁蛋白 N-糖基化相关 SNP 影响 ST3GAL4、B3GAT1、TF、HNF1A, FUT8 和 MGAT5 表达；
- 对转铁蛋白 N-糖基化表型和复杂性状进行双向孟德尔随机化 (MR)和共定位分析，发现 TfGP14 水平和溃疡性结肠炎、TfGP28 水平和 C 反应蛋白水平、低密度脂蛋白（ LDL）和总胆固醇呈正相关。此外，共定位分析证实 TfGP28 和 C 反应蛋白水平、LDL 和总胆固醇之间的关联是由 HNF1A 基因上的共同变异驱动的；
- 使用相同的策略对 24 个 IgG N-糖基化表型进行研究，总共鉴定了 13 个基因座与 IgG N-糖基化显著相关；
- 对转铁蛋白 N-糖基化表型和 IgG N-糖基化表型鉴定的基因座进行共定位，发现转铁蛋白和 IgG 糖基化表型在 FUT8 和 FUT6 基因座上存在共定位，说明 FUT8 和 FUT6 基因座上可能存在变异位点影响转铁蛋白和 IgG 糖基化；
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- 为了探究这些关联背后潜在的调控模式，作者使用 RSAT 工具探究糖基化相关变异位点是否与转录因子结合位点重合。RSAT 分析表明在 FUT8 基因座上，转铁蛋白糖基化 SNP 可能影响 HNF1A 转录因子的结合，而 IgG 糖基化 SNP 可能影响 IKZF1 转录因子的结合；
- 与此同时 HNF1A 在肝细胞高表达而 IKZF1 在浆细胞高表达。这些结果说明调节转铁蛋白和 IgG 糖基化的变异位点可能具有组织特异性，其通过影响不同组织转录因子的表达水平影响蛋白质的糖基化；
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文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41467-022-29189-5
公开的资料：
- GWAS summary 数据：https://datashare.ed.ac.uk/handle/10283/4088
二、精细解读文献 二
文献题目： A genome-wide meta-analysis identifies 50 genetic loci associated with carpal tunnel syndrome
不想看英文题目： 全基因组荟萃分析确定了 50 个与腕管综合征相关的基因位点
杂志和影响因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
研究意义： 腕管综合征 (CTS) 是最常见的卡压性神经病变，家族发生率在 17-39%，但其潜在的生物学机制仍是未知的。
结论：
- 对来自冰岛、英国、丹麦和芬兰的 48,843 个 CTS 病例和 1,190,837 个对照进行全基因组关联分析（ GWAS ），总共发现了 50 个相关的基因座；
- 条件分析鉴定了额外的 3 个基因座；
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- 对 53 个基因座上的变异位点 (r2 ≥ 0.8， ± 1MB)进行功能注释，发现 35 个位点影响蛋白质水平或 mRNA 表达水平等；
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- 对 CTS 进行分组：1）所有 CTS 病例 ( N = 37,635)；2) 非复发性或非持续性 CTS 病例 ( N = 28,200)，3) 双侧、复发性或持续性 CTS 病例 ( N = 9,435)，4) 接受过手术的 CTS 病例 ( N = 18,281)，5) 手术后诊断为 CTS 的 CTS 病例 ( N = 2,843)；
- 同时使用 LDpred 对五组 CTS 构建基因分险评分（PRS）。PRS 显示双侧、复发性或持续性 CTS 病例（第三组）的 PRS 得分显著高于非复发性或非持续性病例（第二组）（P -het = 1.5 × 10-22）；
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- 对 CTS 和 1319 个 GWAS 汇总数据进行了遗传相关分析，发现 CTS 与腕部原发性骨关节炎和多种人体测量特征遗传相关；
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41467-022-29133-7
公开的资料：
- CTS meta-analysis 数据：https://www.decode.com/summarydata/
三、其他文献推荐
下面的文献也挺精彩的，但由于下不到原文，或博主时间有限，没法精细解读，故列出来供各位参阅；
当然，你们有精彩的文献想让我解读的（前提是一周内刚出炉的文献），可给我发pdf（然而可能种种原因，我不一定有时间解读，不要对我抱太高期待）；
文献题目： Reduced reproductive success is associated with selective constraint on human genes
不想看英文题目： 繁殖成功率降低与人类基因的选择约束相关
杂志和影响因子： Nature (IF: 42.778; Q1)
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41586-022-04549-9
文献题目： Eicosanoid signaling blockade protects middle-aged mice from severe COVID-19
不想看英文题目： 类花生酸信号传导阻滞可保护中年小鼠免受严重 COVID-19 侵害
杂志和影响因子： Nature (IF: 42.778; Q1)
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41586-022-04630-3
文献题目： Convergent selection of a WD40 protein that enhances grain yield in maize and rice
不想看英文题目： WD40 蛋白趋同选择与玉米和水稻产量提高有关
杂志和影响因子： Science (IF: 41.845; Q1)
文章链接：
https://www.science.org/doi/10.1126/science.abg7985
文献题目： HLA autoimmune risk alleles restrict the hypervariable region of T cell receptors
不想看英文题目： HLA 自身免疫风险等位基因限制 T 细胞受体的高变区
杂志和影响因子： Nat Genet (IF: 38.33; Q1)
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41588-022-01032-z
文献题目： Comprehensive characterization of PTEN mutational profile in a series of 34,129 colorectal cancers
不想看英文题目： 34,129 例结直肠癌的 PTEN 突变谱
杂志和影响因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41467-022-29227-2
文献题目： Integrating deep learning and unbiased automated high-content screening to identify complex disease signatures in human fibroblasts
不想看英文题目： 整合深度学习和无偏见自动化高内涵筛选鉴定人类成纤维细胞中的复杂疾病特征
杂志和影响因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41467-022-28423-4
文献题目： Assessment of global health risk of antibiotic resistance genes
不想看英文题目： 抗生素耐药基因的全球健康风险评估
杂志和影响因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41467-022-29283-8
文献题目： Single-cell transcriptomics identifies potential cells of origin of MYC rhabdoid tumors
不想看英文题目： 单细胞转录组学鉴定 MYC 横纹肌样肿瘤的潜在起源细胞
杂志和影响因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41467-022-29152-4
四、工具或资源类介绍
文献题目： SimSCSnTree: a simulator of single-cell DNA sequencing data
不想看英文题目： SimSCSnTree：单细胞 DNA 测序数据模拟器
杂志和影响因子： Bioinformatics (IF: 5.61; Q1)
文章链接：
文献题目： rbioapi: User-Friendly R Interface to Biologic Web Services' API
不想看英文题目： rbioapi：用于 R 语言的 API 接口
杂志和影响因子： Bioinformatics (IF: 5.61; Q1)
文章链接：
文献题目： EDClust: An EM-MM hybrid method for cell clustering in multiple-subject single-cell RNA sequencing
不想看英文题目： EDClust：一种用于单细胞 RNA 测序细胞聚类的 EM-MM 混合方法
杂志和影响因子： Bioinformatics (IF: 5.61; Q1)
文章链接：
文献题目： Fast and accurate inference of Gene Regulatory Networks through robust precision matrix estimation
不想看英文题目： 通过稳健的矩阵评估快速准确推断基因调控网络
杂志和影响因子： Bioinformatics (IF: 5.61; Q1)
文章链接：
https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article/doi/10.1093/bioinformatics/btac178/6553011
文献题目： CBNplot: Bayesian network plots for enrichment analysis
不想看英文题目： CBNplot：用于富集分析的贝叶斯网络图
杂志和影响因子： Bioinformatics (IF: 5.61; Q1)
文章链接：
https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article/doi/10.1093/bioinformatics/btac175/6554190
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致谢橙子牛奶糖（陈文燕），请用参考模版：We thank the blogger (orange_milk_sugar, Wenyan Chen) for XXX
感谢小可爱们多年来的陪伴， 我与你们一起成长~
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