gencode和UCSC的fasta相同

作者: 苏牧传媒 | 来源:发表于2018-11-01 22:24 被阅读7次

gencode和UCSC的fasta相同
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1.构建一个tq.bed：

chr1 33344 33388

chr4 77777 77799

2.用bedtools分别对gencode和UCSC的fasta进行提取：

bedtools getfasta -fi GRCh37.chr.fa -bed tq.bed -split -name | fold -w 60 > tq.fa

gencode

bedtools getfasta -fi ../UCSC_hg19/hg19.fa -bed tq.bed -split -name | fold -w 60 > tq2.fa

UCSC

结果显示序列是相同的！

用samtools faidx xxx.fasta序列大小也是一样的！

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1.构建一个tq.bed： chr1 33344 33388chr4 77777 77799 2.用...
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