美文网首页ggplot集锦
bigwig转bed文件

bigwig转bed文件

作者: 生信编程日常 | 来源:发表于2021-06-20 13:37 被阅读0次

bigwig转bed文件首先需要将bigwig转为wig文件

conda install -c bioconda ucsc-bigwigtowig
bigWigToWig signal.bigWig signal.wig

利用BEDOPS的 wig2bed]将wig文件转 bed文件

conda install -c bioconda bedops
 wig2bed < signal.wig > signal.bed


#Filter BED by its score column with `awk`:
awk '($5 < 1)' signal.bed > signal.filtered.bed

参考：https://bioinformatics.stackexchange.com/questions/2800/bigwig-to-bed-for-regions-above-below-threshold

相关文章

网友评论

    本文标题：bigwig转bed文件

    本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/orudyltx.html

    延伸阅读

    深度阅读

    • 您也可以注册成为美文阅读网的作者，发表您的原创作品、分享您的心情！

    栏目导航

    热点阅读

    ggplot集锦

    关于我们|服务条款|联系我们|bigwig转bed文件|投稿指南|网站地图|RSS订阅|排版工具|手机版

    提供经典美文摘抄,优美散文欣赏,现代诗歌精选,短篇小说,心情随笔,表白情书范文,故事会在线阅读欣赏

    Copyright © 2014-2023 Haomeiwen.com All Rights Reserved. 好美文阅读网 版权所有

    备案信息：桂公网安备 45052102000051号 · 桂ICP备13007215号-3

    本站所收录作品、热点评论等信息部分来源互联网，目的只是为了系统归纳学习和传递资讯

    所有作品版权归原创作者所有，与本站立场无关，如不慎侵犯了你的权益，请联系我们告知，我们将做删除处理！